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分子对接| 杂谈| 药物靶点| 药物设计|
从辉瑞新冠口服药聊聊新药研发
赵洪桃 2021-11-7 02:10
继默克的Molnupiravir，辉瑞近日也公布了其新冠口服新药PAXLOVID的II/III期临床中期试验结果。PAXLOVID可以降低89%的重症与死亡风险，远远好于吉利德的静脉注射药物Remdesivir，比默克公布的Mmolnupiravir数据也更好。PAXLOVID是抗病毒药物利托那韦（Ritonavir）和新冠病毒蛋白酶抑制剂PF-07321332的复方制剂，在感染早期 ...
个人分类: 药物设计|2812 次阅读|没有评论
虚拟筛选之匠心独具
赵洪桃 2021-5-16 01:25
时光荏苒，距离上一篇高通量虚拟筛选基础篇已有六年。本文采用基于显水模型的对接方案，并根据蛋白—配体作用模式分析化合物的结合构象，以提高预测准确性。本文以EphB4激酶结构域为例，力图重现文献上通过高通量虚拟筛选发现的新型抑制剂。 1. 显水模型对接 ...
个人分类: 药物设计|3463 次阅读|没有评论
大浪淘沙——新药研发中的AI
赵洪桃 2018-8-27 21:57
化学空间犹如浩瀚的宇宙，即使几十亿的DNA化合物库亦不过是沧海一粟。 药物研发中的化合物优化其实是在衍生物空间搜寻局部最优解的过程。遗憾的是，即使衍生物空间对人类来说也还是太大，所以化合物优化依赖经验丰富的药物化学家来构思尽可能多的衍生物并依据经验或计算来寻找通往局部优解的捷径。之前基于预定义的化学反 ...
个人分类: 药物设计|3756 次阅读|没有评论
药物筛选之众里寻他千百度
热度 8 赵洪桃 2016-6-12 00:07
化学空间——碳、氢、氧、氮、硫等元素构成的化合物——有多大？咋听之下，这个问题似乎跟宇宙是否有界一样的无厘头。不过，却是药物研发不得不面对的一个基本“哲学”问题。来自 塔夫茨中心的报告 声称药物研发的平均成本高达 25 亿美元。从临床前到临床一期、二期、三期直至被批准，候选药物过五关斩六将的同时也损 ...
个人分类: 药物设计|8633 次阅读|8 个评论 热度 8
药物设计：虚拟高通量筛选
热度 2 赵洪桃 2015-5-17 00:30
1. 前言 药物设计中活性化合物的发现可谓是大海捞针，西方谚语云“ a needle on a haystack ”。神农氏尝百草的原始方法已然不能满足现代药物开发的需求。即使基于现代自动化技术，动辄数十万乃至上百万的化合物筛选依然耗资数百万美元，历时一年左右。计算机辅助药物设计——在分子层面上理解 ...
个人分类: 药物设计|19574 次阅读|3 个评论 热度 2
分子片段设计理念在现代药物开发中的应用
热度 1 赵洪桃 2015-4-13 01:09
神农氏尝百草，李时珍写《本草纲目》，古今中外药物研发离不开对海量化合物的筛选，并以此为基础进一步优化候选药物的药理、毒理性质（遗憾的是，中药往往止步于此）。小分子化合物的化学空间有多大呢？10 60 ！目前市面上可供药物筛选的小分子化合物有多少呢？接近一千万！我们得需要多少位神农氏啊？！ 随着现代生物检 ...
个人分类: 药物设计|5728 次阅读|1 个评论 热度 1

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GMT+8, 2024-4-26 23:24

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