查看linux下已设置好的环境变量所在路径的方法

熊朝亮 2014-12-2 20:00

要想查看linux下已设置好的环境变量所在路径可用以下方法: $ which + 环境变量的名字

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从哪里可以获取chromsize文件？

熊朝亮 2014-12-2 17:01

通过UCSC可以获取chromsize文件，但是要注意版本(下面以hg19为例)： UCSC---Downloads---Human---hg19---Annotation database---chromInfo.txt.gz

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bam 转 bedgraph

熊朝亮 2014-11-30 00:19

有两种方法可以将bam转成bedgraph 方法1: samtools view my.bam my.sam wiggles my.sam my.wiggles.bedgraph 方法2: samtools sort my.bam my.sorted.bam genomeCoverageBed -bga -ibam my.sorted.bam -g chrom.sizes my.bedtools.bedgraph

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bed 转 bam/sam ?

熊朝亮 2014-11-30 00:17

bed如何转 bam/sam？？？ 可用bedtools的bedToBam： $ bedToBam Program: bedToBam (v2.12.0) Author: Aaron Quinlan (aaronquinlan@gmail.com) Summary: Converts feature records to BAM format. Usage: bedToBam -i bed/gff/vcf -g genome Options: ...

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图解SOAPdenovo拼接过程

熊朝亮 2014-11-30 00:10

我们都知道，测序本身并不难，难就难在基因组的后续组装拼接，因为它涉及到大量需要考虑的问题，如重复、倒位、覆盖率等等，于是如何有效的得到最后的序列或者有意义的Scaffold是做基因组面临的一个很大问题。不同的人去做会得到不同的结果，如N50、N90，scaffold数量等等。 下面简单介绍一下SOAPdenovo组装的一般过程 ...

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基于NGS的miRNA测序以及接头序列介绍

熊朝亮 2014-11-30 00:03

一般成熟的miRNA长度在22nt左右，在过去miRNA主要是从已知的基因组序列中来预测，但是遗憾的是并不是所有的生物都有全基因组序列。现在随着新一代高通量测序技术的发展，即使没有全基因组序列我们也能从分离的RNA中直接测序，并且可以分析miRNA的表达丰度。 但是在测序过程中给我们往往会遇到的如下两个方面的问题： ...

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Illumina/454/ABI三种测序平台原理的比较

熊朝亮 2014-11-30 00:01

三种测序平台原理的比较： Illumina--454--ABI三种测序平台原理的比较.pdf

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RNA-seq转录本拼接与重构的探讨

熊朝亮 2014-11-29 23:59

RNA进行测序一直以来都被认为是一种发现基因的有效方法，而且这种方法还被认为是对编码基因以及非编码基因进行注释的金标准。与以前的方法相比，大规模平行RNA测序方法（massively parallel sequencing of RNA）极大增强了RNA测序技术的处理能力，使我们得以能够对转录组进行测序。 &nb ...

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