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利用SMILES快速输入结构的几点小技巧

已有 1482 次阅读 2019-7-15 15:25 |个人分类:软件杂谈|系统分类:教学心得| SMILES, 获取, 利用, 结构转换, 化学分子, SMILES

SMILES作为一种化学结构的文字表示法,目前得到了多数化学结构软件的支持.在ChemDraw, ChemFinder, SCI Finder的结构式编辑器中都可以使用.这里总结几点小技巧,或许可以帮助你提高结构输入或转移的速度.

你可以参考我以前的一篇博客,里面介绍了SMILES是什么东西,以及如何将结构转化为SMILES.


1.SMILES的获取

1.1 可以自己根据分子的结构来手打出来.比如乙醇CCO, 丙烯CC=C, 乙腈CC#N, 碳酸甲乙酯COC(=O)CC,丙酸乙酯CCOC(=O)CC等等.只要你对分子式比较熟悉而且结构中环不是很多,还比较好处理.如果结构复杂的分子,这个很容易出错,建议还是绘制结构后让编辑器来帮你转换.


1.2 从数据库储存的结构中复制出来.比如ChemFinder的控件,允许将结构复制为SMILES.但不是所有的数据库都支持这个.



1.3 从化学结构式编辑器中复制出来.

比如ChemDraw里面的快捷键是Ctrl+Alt+C,选中结构再按这个快捷键,这个结构对应的SMILES就复制到剪贴板上了.



在网页版的InDraw中,选中结构后可以复制为smiles.




1.4 其它来源.比如直接提供了SMILES字串的也可以直接使用.


2.利用SMILES

2.1 在编辑器中,将SMILES变现为结构.

如果将SMILES已经复制到了剪贴板:

2.1.1 ChemDraw中,直接特殊粘贴就可以得到结构式.



2.1.2 在InDraw网页版,直接按Ctrl+V,它就粘贴为结构了.UI界面或弹出菜单上反而没有粘贴的选项,这一点做得有点反常.



2.2 在CF数据库中,可以转换为结构

ChemFinder数据库也可以像上面一样直接paste special转换为结构.

当然,也可以在命令行中输入 from_SMILES CCO 这样的格式来转换.CCO:乙醇的SMILES.

也可以像前一博客那样,做一个极简单的CFS文件,SMILES To Structure.rar

不用输入from_smiles命令,直接在菜单栏的Scripts下面选择对应的文件名点击,然后直接输入字串也可以.




2.3 在SCI Finder的结构式编辑器中,利用它的Textto结构功能也可以做到,而且很方便,特意说详细一点.



弹出来这个对话框



实际上这里可以输入的不止是Smiles,还可以是CAS号, InChI字串等. 前两个我比较熟悉一点,举例:


VC的SMILES



二乙烯砜的CAS号


点击OK或按Enter确认,就可以得到类似下面的结构


因为目前电解液涉及到的分子多数是小分子,往往可以直接写出其SMILES,我比较喜欢在SCI Finder的编辑器中直接输入,或者将其它地方复制过来的SMILES输入,很快得到结构再进行结构检索.这个比直接去绘制分子结构要简单一些,快了不少,十分方便.


一点小心得,即是总结,也是备忘.2019-7-15



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