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Bicomb最新安装包和说明书一次下载
崔雷 2021-5-22 19:12
下载链接目前放在: The Ciitool Platform ,页面底部有一个download链接。
个人分类: 文献计量学|383 次阅读|没有评论
BICOMB出现没有注册类问题的解决
崔雷 2021-4-29 14:34
最近遇到BICOMB软件“没有注册类”问题的同学很多: 跟开发人员沟通猜测是win10系统终止了对flashplayer的支持,导致软件左侧的动画不能显示。 好在这个不是很重要的功能,因此决定做一个补丁,去掉flash显示的功能,把这个补丁直接放到原先软件的安装目录下,替代原先的可执行文件即可。网站不允许上传exe文件, ...
个人分类: 文献计量学|661 次阅读|没有评论
基于R语言的PubMed信息抽取工具
崔雷 2021-1-23 12:21
暂时名字叫做PubMR,放在GitHub上。 建设中,因此还不完善,欢迎大家使用,有什么问题和需求大家尽可能提出来,打算作为bicomb的升级版。 https://github.com/xizhou/pubMR
个人分类: 生物医学文本挖掘|886 次阅读|没有评论
Bicomb针对PubMed不能下载xml格式的补丁
热度 1 崔雷 2020-7-23 11:34
把这个可执行文献复制到目录里,覆盖原有的文件就可以了。 在pubmed网站下载pubmed格式,用软件里的pubmed-2模板进行分析。 提取后,主题词的星花可以通过批量修改去掉。 目前上传一个压缩包,解压缩后应该可以使用。 安装包.rar 稍后可以到这个地址下载: https://www.cmu.edu.cn/dmi/nr.jsp?urltype=news.Ne ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1985 次阅读|3 个评论 热度 1
MeSHy:Mining unanticipated PubMed information
崔雷 2020-7-13 16:41
T. Theodosiou et al. / Journal of Biomedical Informatics 44 (2011) 919–926 The basic assumption is that the terms that have almost the same probability of being observed within the results of a query and also in the entire PubMed database (excluding the results of the query) do not contain imp ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1305 次阅读|没有评论
BICOMB下载网址及升级
热度 1 崔雷 2020-7-13 09:38
学校网站调整,bicomb的下载地址变更为: https://www.cmu.edu.cn/dmi/nr.jsp?urltype=news.NewsContentUrlwbtreeid=2161wbnewsid=4589archive=0 ;途径是中国医科大学-院系-医学信息学院-科学研究-科研成果-书目共现分析系统bicomb。 关于PubMed数据库最近下载格式中没有了XML格式途径,我们正在开发针对该 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|3940 次阅读|1 个评论 热度 1
从生物医学文献中自动识别出科学严谨临床研究报告的深度学习方法:比较分析研究
崔雷 2019-2-27 15:45
背景: 开展循证医学实践中遇到的主要障碍是有效地找到关于特定临床主题的科学合理的研究。 目的: 探索采用深度学习方法从生物医学文献中检索科学合理的治疗研究。 方法: 我们使用 403,216 条 PubMed 记录作为噪声数据集,以标题和摘要作为特征训练卷积神经网络。将深度学习模型与目前 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1887 次阅读|没有评论
喜欢做的和必须做的,为什么不能任性呢?
崔雷 2018-10-22 11:38
本来想继续“憋”那篇英文论文,打开看到一篇参考文献,用PageRank算法计算论文相似性,一直以来有的疑问又涌上心头: PageRank算法不是计算有向无权网络节点的吗?论文相似网络是一个无向加权网络,怎么能用呢? 通过搜索引擎和文献数据库,发现这个算法有个很多改进,通过修改原公式的参数,是可以用到加权 ...
个人分类: 科研体会|1775 次阅读|没有评论
利用聚类树聚合方法挖掘生物医学数据特征挖掘(摘要翻译)
崔雷 2018-7-21 12:08
Mining Features for Biomedical Data using Clustering Tree Ensembles. Pliakos K , Vens C . J Biomed Inform. 2018 Jul 13 ; 可以供给 机器学习界利用的生物医学数据量增长非常迅速,随之带来一个问题:这些数据实际上能提供多少信息的?或者描述数据实例的特征有多大的区分度?一些生物医 ...
个人分类: 生物信息学|2341 次阅读|没有评论

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