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Bicomb针对PubMed不能下载xml格式的补丁
热度 1 崔雷 2020-7-23 11:34
把这个可执行文献复制到目录里,覆盖原有的文件就可以了。 在pubmed网站下载pubmed格式,用软件里的pubmed-2模板进行分析。 提取后,主题词的星花可以通过批量修改去掉。 目前上传一个压缩包,解压缩后应该可以使用。 安装包.rar 稍后可以到这个地址下载: https://www.cmu.edu.cn/dmi/nr.jsp?urltype=news.Ne ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|792 次阅读|2 个评论 热度 1
MeSHy:Mining unanticipated PubMed information
崔雷 2020-7-13 16:41
T. Theodosiou et al. / Journal of Biomedical Informatics 44 (2011) 919–926 The basic assumption is that the terms that have almost the same probability of being observed within the results of a query and also in the entire PubMed database (excluding the results of the query) do not contain imp ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|775 次阅读|没有评论
BICOMB下载网址及升级
崔雷 2020-7-13 09:38
学校网站调整,bicomb的下载地址变更为: https://www.cmu.edu.cn/dmi/nr.jsp?urltype=news.NewsContentUrlwbtreeid=2161wbnewsid=4589archive=0 ;途径是中国医科大学-院系-医学信息学院-科学研究-科研成果-书目共现分析系统bicomb。 关于PubMed数据库最近下载格式中没有了XML格式途径,我们正在开发针对该 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1209 次阅读|没有评论
从生物医学文献中自动识别出科学严谨临床研究报告的深度学习方法:比较分析研究
崔雷 2019-2-27 15:45
背景: 开展循证医学实践中遇到的主要障碍是有效地找到关于特定临床主题的科学合理的研究。 目的: 探索采用深度学习方法从生物医学文献中检索科学合理的治疗研究。 方法: 我们使用 403,216 条 PubMed 记录作为噪声数据集,以标题和摘要作为特征训练卷积神经网络。将深度学习模型与目前 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|1683 次阅读|没有评论
喜欢做的和必须做的,为什么不能任性呢?
崔雷 2018-10-22 11:38
本来想继续“憋”那篇英文论文,打开看到一篇参考文献,用PageRank算法计算论文相似性,一直以来有的疑问又涌上心头: PageRank算法不是计算有向无权网络节点的吗?论文相似网络是一个无向加权网络,怎么能用呢? 通过搜索引擎和文献数据库,发现这个算法有个很多改进,通过修改原公式的参数,是可以用到加权 ...
个人分类: 科研体会|1597 次阅读|没有评论
利用聚类树聚合方法挖掘生物医学数据特征挖掘(摘要翻译)
崔雷 2018-7-21 12:08
Mining Features for Biomedical Data using Clustering Tree Ensembles. Pliakos K , Vens C . J Biomed Inform. 2018 Jul 13 ; 可以供给 机器学习界利用的生物医学数据量增长非常迅速,随之带来一个问题:这些数据实际上能提供多少信息的?或者描述数据实例的特征有多大的区分度?一些生物医 ...
个人分类: 生物信息学|2152 次阅读|没有评论
Bicomb软件处理pubmed的xml格式中出现问题的临时解决办法
热度 3 崔雷 2018-4-2 10:44
最近发现,提取pubmed2016年以后的记录过程中出错,如下图: 经过反复调查,发现是因为下载的文献中,标题内容中存在sup或sub或i字符,导致提取意外终止。包括: b (bold) i (italic) sup (superscript) su ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|4694 次阅读|4 个评论 热度 3
bicomb2的新网址
热度 3 崔雷 2017-8-23 15:37
由于学校网站整理,bicomb2的下载网址改为: 202.118.40.8/bc 带来不便请谅解。
个人分类: 生物医学文献计量学|14011 次阅读|5 个评论 热度 3
通过web的生物医学文本处理工具:Whatizit
崔雷 2016-7-20 13:24
动机:文本挖掘方法已经进入到为生物医学研究者提供有效服务的阶段。这些方法需要解决的首要问题是资源(比如受控词表 ) ,要处理的文献(比如在PubMed中已经有一千七 百万的文献),以及用户的需求(抽取事实的种方法 )等在 数量和体量的增长。这些需求刺激作者开发一个基于服务器的文献分析方法。Whatizit就是 ...
个人分类: 生物信息学|3646 次阅读|没有评论

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