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平地惊雷:AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题?
热度 3 周耀旗 2020-12-2 21:44
平地一声惊雷,Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛(CASP14)中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测,把学术界的预测远远甩在后面,不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构 甚至帮助 结构生物学家发现他们的错误,而另外一些结构,预测 ...
个人分类: 科技推广|8185 次阅读|4 个评论 热度 3
从深度诱变的测序来推测RNA/蛋白质的三维结构
热度 2 周耀旗 2019-12-25 08:57
序列决定结构,结构决定功能,这是 RNA 和蛋白质这样的生物大分子的基本法则。这也是为什么 Nature / Science 杂志热衷于发表这些生物分子机器的精细结构的原因,因为只有知道了结构才能知道功能背后的原理。如果这些机器坏了,有了结构才能想方设法去修理,去改变。目前原子水平的高精度结构的解析主要靠 X ...
个人分类: 科技推广|5388 次阅读|2 个评论 热度 2
书里淘金:有功能的长非编码核糖核酸(lncRNA)到底有多少,怎样淘到它?
热度 4 周耀旗 2019-7-27 06:59
当年宋真宗 赵恒为了提倡读书而写下了 “ 书中自有黄金屋 ” , “ 书中自有颜如玉 ” 的名诗,这是 “ 知识就是力量 ” 的比较直白的说法。但我这里 “ 书里淘金 ” 的书是指写在我们人的每个细胞核里的由 4 个字母( ACGT )所组成的 30 亿字母长的 DNA 天书:我们每个人自己的基因组。如果能 ...
个人分类: 科技推广|9768 次阅读|4 个评论 热度 4
蛋白质结构预测的重大突破
热度 9 周耀旗 2018-12-4 07:50
蛋白质是生物细胞内的分子机器,要想知道蛋白质是怎样工作的,就必须知道机器的结构。如果这个蛋白在某个疾病中起关键作用的话,有了它的结构,就可以设计药物分子来抑制它的功能,这就是为什么用实验方法来解出蛋白质结构出了无限多的 Nature,Science,Cell及众多个 ...
个人分类: 科技推广|12637 次阅读|18 个评论 热度 9
发现新型抗菌肽的长征
热度 7 周耀旗 2018-9-28 09:22
从2011年底在美国印地安纳大学开始的设想,经过八个研究组17个人近七年的共同努力,终于在我到了澳大利亚五年后变成了杂志上白纸黑字。虽然这是一篇关于发现新型抗菌肽的论文,但对于其他易于产生抗药性的疾病(例如癌症和病毒性感染)也有相当的指导意义,希望我们的文章能够在抗药性疾病药物的快速、有效研发带来积极的 ...
个人分类: 科技推广|8858 次阅读|10 个评论 热度 7
记件评估正在坑害这一代科研人才
热度 51 周耀旗 2017-11-12 08:15
记件工资是早期资本主义时代比较流行的一种方式,它表面上挺合理,按劳分配 。但由于资本家以此来尽量减少成本,而工人为了生存,不得不在很低的工资条件下工作很长时间,导致了臭名昭著的血汗工厂。但追求数量的后果往往是质量的不稳定,因为即使是熟练工人他也可以通过偷工减料来谋取最大 ...
个人分类: 政策评论|26249 次阅读|61 个评论 热度 51
申请美国博士研究生的自我陈述(Personal Statement)该怎么写?
热度 2 周耀旗 2017-11-4 19:56
申请美国大学的博士研究生除了考试成绩、简历之外,常常还要写一篇长短要求不一的《自我 陈 述》( Personal Statement )或者《目的陈述》( Statement of purpose )。 我在美国大学做老师的时候,曾经多次参与招生委员会的工作, 趁这次亲戚家的孩子让我帮她看看她的《自我 陈 ...
个人分类: 学生培养|22818 次阅读|4 个评论 热度 2
为什么生物实验那么难重复?
热度 22 周耀旗 2017-9-8 18:33
最近韩春雨和他的合作者撤下了 2016年5月发表在Nature Biotechnology的NgAgo论文,撤稿的主要原因是无法被别人重复。虽然这篇文章无法重复的原因还没有水落石出,但生物实验难重复的这个现象非常普遍。2012年,美国Amgen公司宣布无法重复53篇中的47篇关于癌症的标志性论文(89%)。Bayer ...
个人分类: 心得体会|14846 次阅读|70 个评论 热度 22
我的民科史。
热度 11 周耀旗 2017-8-4 19:30
前一阵子, “凡伟发现电荷不存在”在网上象病毒一样地传播,我当时看到标题,就知道一定是民科作品,后来果然发现是一个民间科学家的自我炒作。我对这样民间科学家比较理解、同情,因为我曾经也是一个民科。 那时我在中科大近代化学系上大学。有一次在同学介绍下,阅读了伽莫夫 ...
个人分类: 忆旧思今|7453 次阅读|35 个评论 热度 11
到澳洲三年体会
热度 13 周耀旗 2016-6-26 17:20
到澳洲后,常常有人问我什么感觉?和美国比有什么不同?我总是用各有利弊来搪塞过去。一晃眼,三年过去了,来时的新奇也变成了习惯,澳式口音和一些与“众”不同的用语由刚开始时的好玩也慢慢觉得顺耳。坐在这里,望着窗外袋鼠悠闲地吃草,我不由诧异,这难道是快要从假洋鬼子变成土澳的节奏?不过,没有改变的是,步行依 ...
个人分类: 忆旧思今|21791 次阅读|20 个评论 热度 13

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GMT+8, 2021-3-8 21:19

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