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历届 中国计算机学会生物信息学会议
高建召 2020-10-17 22:07
CCF Bioinformatics Conference (CBC ) 会议 第一届 CBC2016 网址: http://admis.fudan.edu.cn/cbc2016/ 时间: 2016/11/11-13 重庆 承办: 西南大学 协办: 重庆大学;第三军医大学;重庆邮电大学 征文主题: 基因组与表观基因组 转录组 蛋白质 ...
个人分类: 会议|636 次阅读|没有评论
历届全国生物信息学学术大会2 (第八届-第九届)
高建召 2020-10-17 21:21
历届全国生物信息学学术大会2 第八届全国生物信息学与系统生物学学术大会 暨第一届(澳门)国际生物信息学研讨会 时间 2018年10月21日-24日 地点:澳门,澳门大学 参会人员:600+ 会议主题:大数据精准医学时代的生物信息学与系统生物学 网址: https://www.medmeeting.org/7060?lang= ...
个人分类: bioinformatics|544 次阅读|没有评论
全国生物信息学学会组织
高建召 2020-9-19 22:11
目前生物信息学主要集中在二级学会。 中国细胞生物学学会,功能基因组信息学与系统生物学分会 https://www.cscb.org.cn/index.html 中国运筹学会, 计算系统生物学分会 http://www.orsc.org.cn/branch.php?cid=13id=65 中国计算机学会,生物信息学专业委员会 https://www.ccf.org.cn/Chap ...
个人分类: bioinformatics|718 次阅读|没有评论
pandas 将 行号(index索引号)转化为新的列
高建召 2020-5-5 23:30
pandas 将 行号(index索引号)转化为新的列 参考: https://stackoverflow.com/questions/20461165/how-to-convert-index-of-a-pandas-dataframe-into-a-column import pandas as pd 如果是多个索引列,使用 df.reset_index(level= ) 如果是单个索引值 df =df.index
个人分类: python|1330 次阅读|没有评论
numpy 产生重复的数、一维向量。
高建召 2020-5-5 23:12
numpy 产生重复的数、一维向量。 主要使用 numpy.repeat() numpy.tile() 函数 import numpy as np np.repeat(3,5) # 产生5个3 。 a2= np.tile(a2,(5,1)) # 按照行方向重复一维数组 np.tile(a2,(1,5)) # 安装列方向重复一维数组 np.tile(a2,(2,2)) # 产生2*2 个 ...
个人分类: python|866 次阅读|没有评论
Pandas 索引项 问题 (行号)
高建召 2020-4-28 14:12
import pandas as pd (1)Pandas 遇到 cannot handle a non-unique multi-index 可能是因为索引项不唯一造成的,去掉重复的索引即可。 (2)pandas dataframe 去掉重复的行 参考 https://stackoverflow.com/questions/13035764/remove-rows-with-duplicate-indices-pandas-da ...
个人分类: python|1206 次阅读|没有评论
R 输出list 对象到文件
高建召 2020-4-26 20:36
R 输出过多的行: options(max.print=1000000) R 输出list 对象到文件: capture.output(YourListObject,file=filename.txt)
个人分类: R语言|934 次阅读|没有评论
删除软链接
高建召 2020-4-10 22:30
如果软链接是 test_ln 删除软链接: rm -rf ./test_ln # 最后不能带“/” 错误示范:如果不小心输入了rm -rf ./test_ln / #后面多加“ / ” 会将文件内的文件都删除。
个人分类: linux相关|549 次阅读|没有评论
Biopython 从蛋白质结构得到序列
高建召 2020-3-22 19:54
中文教程网站: https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html 从PDB文件中获取 蛋白质序列有以下两种形式: 1.一种以C-N 模式; 2. 一种是CA-CA模式。 from Bio import PDB #UsingC-N ppb= PDB.PPBuilder() forppinppb.build_peptides(structure): ...
个人分类: python|717 次阅读|没有评论
SPOT-1D 安装-II
高建召 2020-3-22 19:22
SPOT-1D 安装II (0) 需要准备的软件: 到此网站下载 : https://sparks-lab.org/downloads/ SPOT1D; SPOT-Contact ; SPIDER3_local ##Spider3 有两个版本 SPIDER3_local 和 SPIDER3-Single(numpy) ,应该使用SPIDER3_local 版本。 ##single版本精度稍差。 (1) 首先安 ...
个人分类: 计算结构生物学|617 次阅读|没有评论

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