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置顶 · 分享 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|3316 次阅读|没有评论
分享 软件安装不上,可能是网速慢!Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~
陈同 2020-3-30 21:30
NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) ) 、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数 ...
个人分类: 生物信息|204 次阅读|没有评论
分享 Python语法糖之:列表解析、集合解析和字典解析
陈同 2020-3-30 21:28
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个人分类: 生物信息|121 次阅读|没有评论
分享 Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
陈同 2020-3-30 21:27
seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) ) 、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘 ( 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、 ...
个人分类: 生物信息|133 次阅读|没有评论
分享 有了这些,文件批量重命名还需要求助其它工具吗?
陈同 2020-3-30 21:22
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分享 只需一行代码,完美呈现Markdown格式,写作展示两不误
陈同 2020-3-30 21:14
写作排版必备 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘( 典型 ...
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分享 转录组测序多少生物重复合适?2个?3个?48个?
陈同 2020-3-30 21:11
2016年英国邓迪大学的Geoffrey J Barton教授在RNA发表一篇文章专门评估这一问题。作者对野生型和 snf2 突变型酵母样品分别测序了 48 个生物学重复;质控后,野生型样品保留 42 个生物学重复,突变型样品剩余 44 个生物学重复。 在控制假阳性率为 0.05 的标准下,用所有可用生物重复计算出的差异基因定义为该差异基因鉴定 ...
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分享 遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
陈同 2020-3-30 21:08
转录组分析的正确姿势(第三版) 前言 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖 ...
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分享 PATH和path,傻傻分不清
陈同 2020-3-11 11:12
习惯了Windows电脑下的所见即所得,找到程序或文件双击即可运行或打开;于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明,给他一个名字就可以运行程序或打开文件;于是在命令行下或程序里不断碰壁,为啥这个命令不运行了呢? 我们不能太高估电脑(或操作系统),不要以为只要输入一个程序名或文件名,电脑(或操作系统)就可以满硬 ...
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分享 R变量索引 - 什么时候使用 @或$
陈同 2020-3-11 11:10
单细胞分析经常用到Seurat包,整个分析过程中的中间结果都在一个Seurat对象中存储。常需要从里面提取对应数据进行后续分析,有时会用$,有时会用@,怎么选择呢? str函数是我们的好帮手,清晰展示对象层级结构和索引方式,如下,对应名字前出现@则用@索引(比如pbmc@assays),有 则用 则 用 索引(如pbmc@assa ...
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分享 复现原文(二):Single-cell RNA sequencing of human
陈同 2020-3-11 11:04
NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘( 典型医学设计实验GE ...
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GMT+8, 2020-4-4 10:55

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