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scSNViz：细胞特异性表达SNV的可视化和分析: 张俊鹏 2026-3-8 14:40; scSNViz ：细胞特异性表达 SNV 的可视化和分析细胞特异性表达的单一核苷酸变异（ SNV ）包括 DNA 转录的体细胞和生殖系变异，以及依赖上下文的 RNA 起源变异，所有这些都动态地促进了转录异质性。这些 SNV 可以影响蛋白质功能、基因表达调控、转录和翻译效率以及细胞信号传导。在单细胞 ...; 个人分类: 科普|675 次阅读|没有评论

MEBOCOST：绘制代谢物介导的细胞通讯: 热度 1 张俊鹏 2026-3-8 14:38; MEBOCOST ：绘制代谢物介导的细胞通讯细胞通讯（ CCC ）对于维持细胞、器官和完整系统的功能与稳态至关重要。研究表明，异常的 CCC 会导致多种健康问题，如肥胖、糖尿病、心脏病和癌症。 CCC 可由多种分子介导，例如蛋白质和代谢物。单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）数据提供了组织中单个细 ...; 个人分类: 科普|743 次阅读|1 个评论热度 1

UCell 和 pyUCell：单细胞基因特征评分: 张俊鹏 2026-3-4 18:25; UCell 和 pyUCell ：单细胞基因特征评分单细胞技术通过在单个细胞分辨率下分析基因表达，极大地提升了我们表征细胞异质性的能力。单细胞分析中的一个核心计算任务是量化单个细胞内预定义基因集（或称“模块”）的活性——这种方法通常被称为基因特征评分或模块评分。基因集可以源自多种来源，包括经 ...; 个人分类: 科普|1152 次阅读|没有评论

bayesReact：癌症、组织和单细胞水平的miRNA活性识别: 张俊鹏 2026-3-2 18:00; bayesReact ：癌症、组织和单细胞水平的 miRNA 活性识别在保持组织完整性和预防癌变的同时，调控机制对于维持细胞内稳态、促进细胞正常增殖和分化至关重要。然而，关于调控细胞约束的空间时间复杂性仍有许多未知之处，新的调控因子仍在不断被发现和表征。调控机制通常需要通过基序识别进行，其中基序 ...; 个人分类: 科普|1248 次阅读|没有评论

WhatIsMyGene：回归基因富集基础: 张俊鹏 2026-3-2 17:58; WhatIsMyGene ：回归基因富集基础现代转录组协议通常能识别出 20,000 种 RNA 分子。蛋白质组数据集现在可能包含超过 8,000 种蛋白质。在大多数情况下，研究人员感兴趣的是已识别实体的子集，例如在干扰素应用于特定细胞系时显著上调的转录本集合。一旦选择了这样的子集，研究人员便试图将其与 ...; 个人分类: 科普|1235 次阅读|没有评论

Fuzzifier*：鲁棒且敏感的多组学数据分析: 张俊鹏 2026-2-27 09:45; Fuzzifier* ：鲁棒且敏感的多组学数据分析几十年来高通量测序和其他组学技术已经改变了生物研究，为复杂生物系统提供了前所未有的洞察。然而，由于固有的不确定性、技术偏差和测量不精确，对这些数据的解释仍然具有挑战性。这些问题包括通过统计（或生物信息学分析）得出稳健、可靠和值得信赖的结论，在生 ...; 个人分类: 科普|1200 次阅读|没有评论

DEPower：使用 DESeq2 进行近似功效分析: 张俊鹏 2026-2-26 10:10; DEPower ：使用 DESeq2 进行近似功效分析差异表达（ DE ）分析是转录组工作流程中普遍的一部分。在典型场景中，此类分析涉及构建一个统计模型来描述观测到的基因表达，该模型编码具有生物学意义和偶然性的协变量，例如扰动和实验批次的影响，拟合模型，并执行一系列零假设统计检验，以识别在所测 ...; 个人分类: 科普|1226 次阅读|没有评论

cspray：分布式单细胞转录组分析: 张俊鹏 2026-2-24 10:59; cspray ：分布式单细胞转录组分析基于微滴的单细胞 RNA 处理最初始于数万个细胞的样本。随着其他技术的不断进步，这一规模已稳步扩大，以最大化通量和引入多重检测。 PIPseq 等技术的应用进一步将这一规模推向百万细胞以上， Elz 等人在其最近关于商业单细胞 RNA 测序技术的综述中报告称，目 ...; 个人分类: 科普|1246 次阅读|没有评论

CellCov：基因体覆盖分析: 张俊鹏 2026-2-24 10:56; CellCov ：基因体覆盖分析单细胞 RNA 测序已广泛普及，并被广泛应用于生物医学研究。近期技术进步已将其应用范围从简单的 RNA 标记（ 3' 或 5' 端）的基因级计数扩展到对转录本的全面覆盖。随着新方法不断涌现，全面的基准测试和适当的质量控制对确保结果的有效性变得越来越重要。 ...; 个人分类: 科普|1347 次阅读|没有评论

SCCVAE：变分因果推理学习遗传扰动效应: 张俊鹏 2026-2-24 10:54; SCCVAE ：变分因果推理学习遗传扰动效应基因编辑技术为细胞中基因调控的研究提供了有用的探针。通过扰动单个基因并观察转录组变化，我们可以分离和解析这些扰动的下游效应。这些见解促进了各种下游应用，从识别参与基本细胞过程的基因，到发现潜在的药物靶点用于治疗。有许多潜在的靶基因可以进行扰动。 ...; 个人分类: 科普|1316 次阅读|没有评论

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