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中国科学家新论文:新型冠状病毒已推定受体的单细胞RNA表达谱 精选

已有 3794 次阅读 2020-1-27 15:26 |个人分类:小柯生命|系统分类:论文交流

127日,生物预印本网站BioRxiv更新3篇关于武汉新型冠状病毒的研究论文,中国多个研究机构的科研人员分析了新型冠状病毒的起源时间和流行动态,以及已推定受体的单细胞RNA表达谱。

 

三篇论文的详细介绍如下:

 

2019年新型冠状病毒的起源时间和流行动态

 

2019年新型冠状病毒2019-nCoV出现在中国武汉。研究疫情动态对进一步监测和控制暴发至关重要。

中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和北京大学研究人员使用贝叶斯框架从全球流感自发禽流感共享数据库(GISAID)提供的基因组序列中推断出以有效繁殖数Re随时间变化所代表的时间校准的系统发流行动态

系统发生数据揭示了,24BetaCoV病毒的分歧时间和关系,来自武汉的样本组成了一个并系类群来自一个最近共同祖先的部分后裔类群及其演化分支体系),其他样品则组成了单枝。研究人员认为,这两个支系之间并没有分歧,因为它们的序列非常相似,这说明暴发还处于早期阶段。

流行动态结果显示,疫情起始时间预计为20191217区间2019125~20191223Re随时间变化较大,最高为2.5,最低为0.3

Re > 1.0表示病例数在增加,疫情在扩大,而Re <1.0表示疫情在减少,将会消失。在20191231日之前,这种流行病存在一个早期促进作用,Re2.0左右,从2020113日到15日,Re增加到2.5以上。

相比之下,在香港的预控阶段,SARS的估计Re2.73.6

这项研究通过从病毒序列推断关键流行病学参数,为2019-nCoV流行提供了一个早期视角。这将有助于公共卫生官员有效协调以控制疫情。

 

作者:Chi ZhangMei Wang

相关论文信息:https://doi.org/10.1101/2020.01.25.919688


2019年新型冠状病毒传播动态


2019-nCoV肺炎感染已从中国湖北省武汉市迅速蔓延至其他省市。然而,2019-nCoV的传输动态仍不清楚。

广东省疾控中心等机构的研究人员,从医疗记录、流行病学调查或官方网站收集2020123日前确诊的2019-nCoV病例数据,以及从广东省疾病预防控制中心收集了2002~2003年广东省SARS病例资料。

利用指数增长EG和最大似然估计ML),研究人员估算了2019-nCoVSARS的繁殖数R结果显示,截至123日,全国共2019-nCoV确诊病例830例,境外报告9例。

研究人员表示,2019-nCoV感染的平均潜伏期为4.8天。2019-nCoVSARS患者从出现症状到隔离的平均时间分别为2.9天和4.2天。

EGML法估计2019-nCoVR值分别为2.90(区间为2.32~3.632.92 (区间为2.28~3.67,而SARS-CoVR值分别为1.77(区间为1.37~2.271.85 (区间为1.32~2.49

研究人员还观察到从发病到隔离的时间呈下降趋势,2019-nCoVSARS-CoVR值也呈下降趋势。

研究人员认为,2019-nCoV可能比2003发的SARS具有更高的(全国或全球)大流行风险。但目前实施的公共卫生努力已显著降低了2019-nCoV的流行风险。

然而,还需采取更加严格的控制和预防战略和措施,遏制其进一步蔓延。

 

作者:Tao LiuJianxiong HuMin KangLifeng Lin Haojie ZhongJianpeng XiaoGuanhao HeTie SongQiong HuangZuhua RongAiping DengWeilin ZengXiaohua TanSiqing ZengZhihua ZhuJiansen LiDonghua WanJing LuHuihong DengJianfeng HeWenjun Ma

相关论文信息:https://doi.org/10.1101/2020.01.25.919787

 

新型冠状病毒已推定受体的单细胞RNA表达谱


201912月,湖北省武汉市发现新型冠状病毒2019-nCov。该病毒已导致国内数以千计的人员感染,并已在国外发现病例。

据报道,2019-nCovSARS-Cov拥有相同受体ACE2

基于公共数据库和当前最先进的单细胞RNA- seq技术,同济大学等机构的研究人员分析了正常人类肺部ACE2 RNA表达谱。结果表明,ACE2病毒受体的表达集中在少量的II型肺泡细胞(AT2)中。

令人惊讶的是,研究人员发现,表达AT2ACE2群体也高表达了许多其他的基因,而这些基因积极调节对病毒的繁殖和传播。对8个样本的比较表明,亚洲男性1号的肺中有大量ACE2表达细胞。

这一结论与之前别的的报道不同,之前的研究发现,大量的ACE2不仅存在于AT2,也存在于内皮细胞中。AT2人群中ACE2的大量表达可以解释感染后严重的肺泡损伤。不同群体中表达ACE2的细胞数量和分布可潜在地识别易感人群。 

该研究的不足之处在于样本数量较少,现有技术只能分析单细胞的RNA水平,不能分析单细胞的蛋白水平。另外,目前尚不清楚是否有其他共受体导致2019-nCov感染,这或许也有助于解释观察到的SARS-Cov2019-nCov传播能力的差异。

该研究为新型冠状病毒感染疾病的流行病学调查提供了生物学背景,也可为抗ACE2治疗策略的制定提供参考。

 

 作者:Yu ZhaoZixian ZhaoYujia WangYueqing ZhouYu MaWei Zuo

 

相关论文信息:https://doi.org/10.1101/2020.01.26.919985




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1 黄永义

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