Bioinformatics Stronghold - REVC: Complementing a Strand of DNA

The Secondary and Tertiary Structures of DNA

1. DNA分子双链，且方向相反；

2. 两条链上的碱基互补配对，A与T、C与G；

3. 两条链相互缠绕形成螺旋着的阶梯结构，叫做双螺旋（a double helix）。

以上1和2是DNA的二级结构（secondary structure）；3则是DNA的三级结构（tertiary structure）。

The double helix of DNA on the molecular scale.

在双螺旋的模型中，一对碱基就叫做碱基对（a base pair），简称bp。因此DNA（双链核酸）的长度单位就是bp，而不是nt。另外，在已知DNA双链的其中一条链的情况下，我们可以根据碱基互补配对原则得到另一条链的序列。不过由于两条链的方向相反，所以根据一条链获取对应链的序列过程又叫做反向互补（reverse complement）。

Problem

In DNA strings, symbols 'A' and 'T' are complements of each other, as are 'C' and 'G'.

The reverse complement of a DNA string s is the string s^c formed by reversing the symbols of s, then taking the complement of each symbol (e.g., the reverse complement of "GTCA" is "TGAC").

Given: A DNA string s of length at most 1000 bp.

Return: The reverse complement s^c of s.

Sample Dataset

AAAACCCGGT

Sample Output

ACCGGGTTTT

Solution

>>> s = 'AAAACCCGGT'

>>>

reversed()这个函数是将一段序列进行反转，并将其元素从后向前颠倒构建成一个新的迭代器，且reversed()之后的iterator只在第一次遍历时返回值，比如：

>>>

s中存放的是一段序列’AAAACCCGGT'，r = reversed(s)就是将s进行反转并存放于r中，构成一个新的迭代器，可以用list查看该迭代器内所有元素，但只能查看一次，下一次迭代器重新生成，默认为空。

我们的思路就是先将给定序列进行反转，然后构建一个Dictionary将反转后的序列进行互补，最后得到反向互补序列。

参考

(出处: 生信技能树)

http://www.cnblogs.com/sesshoumaru/p/6060407.html

http://blog.csdn.net/justheretobe/article/details/50609418

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