Muscle

MUSCLE是RC Edgar开发的序列多重比对（Multiple Sequence Alignment，MSA）工具

下载和相关说明地址为http://www.drive5.com/muscle/manual/

1、比对并保存比对结果为Fasta格式文件

 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa

对于大数据集可以使用

 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 2

MUSCLE默认使用高准确度的比对方式，若需要更快但精度较低的方法可以使用：

用于氨基酸序列比对

 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags -sv -distance1 kbit20_3

用于核算序列比对

 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags

2、将比对结果转换为CLUSTALW格式的文件

 muscle -in seqs.fa -clw

参数

-in 输入文件必须为fasta格式，如果序列中存在gaps，gaps将会被丢弃

-out 输出文件

3、根据多重比对结果构建UPGMA树

muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy

4、根据多重比对结果构建NJ（Neighbor-Joining）树

 muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy -cluster neighborjoining

5、对已有比对结果加入新的序列

已有一个msa结果，想加入一条新的序列

 muscle -profile -in1 existing_msa.afa -in2 new_seq.fa -out combined.afa

6、如果序列有多条，则先对需要加入的序列进行多重比对，然后对两个多重比对结果进行比对（同下）

 muscle -in new_seqs.fa -out new_seqs.afa

 muscle -profile -in1 existing_aln.afa -in2 new_seqs.afa -out combined.afas

7、两个比对结果进行比对

 muscle -profile -in1 one.afa -in2 two.afa -out both.afa

8、提炼已有MSA

 muscle -in msa.afa -out refined_msa.afa -refine