将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式 2012-01-18

将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 有时,在推断进化树的过程中,我们希望phylip格式的文件能够将序列的名称完 ...

(91)次阅读|(0)个评论

什么是bootstrap？ 2011-12-30

Bootstrap又称自展法，是用小样本估计总体值的一种非参数方法，在进化和生态学研究中应用十分广泛。例如进化树分化节点的自展支持率等。 Bootstrap的思想，是生 ...

(232)次阅读|(3)个评论

一个简单的马尔可夫链 2011-12-01

一个简单的马尔可夫链 在一个随机过程中，如果事件发生概率在t时刻所处的状态为已知时，它在t + 1时刻只与t时刻的状态有关，而与之前所处的状态无关，则称该过 ...

(670)次阅读|(5)个评论

二项分布的对数似然面:算法与R语言实现 2011-11-19

二项分布的对数似然面 : 算法与 R 语言实现   jinlongzhang01@gmail.com   对数似然面是极大似然估计的结果之一 ...

(386)次阅读|(0)个评论

用R语言绘制似然面Likelihood Surface 2011-11-18

本文的目的，是直观表达极大似然估计。给出一组数，若用正态分布拟合，则其平均值和标准差最可能的取值是什么？ 极大似然面的顶点，就是最优估计。实际情况下， ...

(402)次阅读|(0)个评论

6亿年来的海陆变迁 2011-11-05

晚元古代（600MA）6亿年前 元古代末期（560Ma） 5.6亿年前 早寒武纪（540Ma） 5.4亿年前 晚寒武纪（500MA） 5.0亿年前 中奥陶纪（470Ma） ...

(352)次阅读|(0)个评论

如何编写R函数 2011-10-26

如何编写R函数？ 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com    R语言实际上是函数的集合，用户可以使用base，stats等包中的基本函数，也可以自己编写函数完成 ...

(742)次阅读|(2)个评论

Inno setup 制作安装文件以编译FigTree为例 2011-10-17

Inno setup 制作安装文件以编译FigTree为例 张金龙 （jinlongzhang01@gmail.com） Windows下安装文件的制作为软件的安装和卸载提供了方便。用户不再用担心可 ...

(412)次阅读|(0)个评论

Cygwin 简明指南-以编译r8s为例 2011-09-23

Cygwin 简明指南 - 以编译源代码   张金龙 Jinlongzhang01@gmail.com   Cygwin 是 Windows 平台下的一套 Unix/ ...

(555)次阅读|(0)个评论

如何撰写生态学科研论文？ 2011-08-07

如何撰写生态学科研论文？  张金龙     科研论文是科学家贡献的最直接标志。好的研究论文往往具有很强的生命力，在十几年， ...

(774)次阅读|(2)个评论

PCNM：生态学与空间统计学 2011-07-28

PCNM 动画展示 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com PCNM是Legendre教授等开发出的表示空间关系的方法，类似于pcoa。大量应用在生物多 ...

(881)次阅读|(1)个评论

Tortoise SVN管理本地代码 2011-05-30

Tortoise SVN管理本地代码 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 什么是Tortoise SVN? TortoiseSVN是一个windows下的文档版本管理的开源软件。用户每次对自己编写的 ...

(932)次阅读|(1)个评论

报告《R与进化生态学：系统发育比较分析概述》 2011-05-28

       随着测序和进化树推断理论和技术的不断成熟，生态学家正努力将物种系统发育关系整合到生态学研究中，并逐渐发展出一系列研 ...

(804)次阅读|(4)个评论

R语言检验空间自相关Moran's I和运行SAR模型 2011-05-25

如何用spdep程序包检验空间自相关Moran's I？ 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 在空间取样中位置越接近的点相应的变量也可能越相近，这种 ...

(995)次阅读|(2)个评论

ltt.plot从进化树推断物种分化的历史：分类单元数与时间的关系 2011-05-18

Lineages through time plot 从进化树推断物种分化的历史： --分类单元数与时间的关系   NM Hallinan原著, Nick Matzke增补 张金龙 编译绘图 ...

(671)次阅读|(4)个评论

查看更多