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tophat的Max multihits参数设置对gene expression估计的影响
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2013-10-16 23:30
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Plots to assess the effect of the parameter 'Max multihits' (X-axis) . 'Max multihits' is a TopHat parameter that indicates how many times one tag is permitted to be aligned. (a) Number of genes found by RNAseq (Y-axis) agains ...
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个人分类: bioinformatics|4208 次阅读|没有评论
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RPS-Blast 安装和使用
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2013-9-16 08:53
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RPS-Blast 类似于 HMMER,在CDD数据库里搜索某蛋白是否含有一domain或者是否属于某一family 到 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd 下载 cdd.tar.gz , 解压 格式化数据库 makeprofiledb -title Pfam.v.xxx -in Pfam.pn -out Pfam -threshold 9.82 -scale 100.0 -dbtype rps -index true 运行搜索 rpsbla ...
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个人分类: bioinformatics|11409 次阅读|没有评论
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