博文

利用SMART寻找含有特定结构域（domain）的蛋白

热度 1 2014-7-28 09:47

前两天一学生问怎么找含有某一个结构域的所有蛋白的序列，我原本以为这是简单得不用教的，不过想想，对于初入门的人，没接触过的就是难，尤其不是专门做bioinfo的，所以还是写写，也好方便后来的人可以查看。 这里以SH3 domain为例做个说明： 首先登陆 SMART的网站， http://smart.embl-heidelberg.de/ 点 ...

个人分类: bioinformatics|24594 次阅读|1 个评论 热度 1

GATK gsalib的安装

2014-7-16 15:44

今天需要在ubuntu服务器下安装一些GATK依赖的R包 直接在R里输入不work install.packages(gsalib) 看其他人的博客说要： 从该网站下载gsalib：https://github.com/broadgsa/gatk 解压缩后，进入build.xml文件所在的目录，输入命令ant gsalib。这样就可以安装gsalib 了。如果该gsalib仍然 ...

个人分类: bioinformatics|6108 次阅读|没有评论

本页有 8 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏