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科研杂谈| 个人简介| 科研经验| 乳腺癌| 实验室|
从一则招聘启事看生物信息研究者应掌握的十种能力
刘洪波 2018-9-30 23:21
Introduction （招聘原文）： Several full-time postdoctoral positions are immediately available for Ph.D. graduates with experience in Bioinformatics (computational genomics) at the Bioinformatics Core, Cancer Science Institute of Singapore. The focus of the core is on understanding computa ...
个人分类: 科研经验|1502 次阅读|没有评论
Linux实用命令
刘洪波 2018-9-30 23:17
1、查看系统访问日志（实时） tail --lines=100 -f /var/log/secure 2、按列合并文件 pastefile1file2 combind.txt 3、按行合并文件 cat file1file2 combind.txt 4、 Linux：使用awk命令获取文本的某一行，某一列 1）、打印文件的第一列(域) ...
个人分类: 科研经验|2814 次阅读|没有评论
PHP7升级后Mysql报错的解决方案
刘洪波 2018-1-8 06:44
近期GoDaddy莫名其妙的自动升级了PHP版本（5.*7.*），导致Mysql数据库无法连接，这一错误的根源在于原有网页采用了mysql_connect，而PHP7将不再支持该模块，因此需要将网页中的mysql_connect更新为MySQLi或者PDO_MySQL，详情参考：http://php.net/manual/en/function.mysql-connect.php 解决办法：将原代码中的m ...
个人分类: 科研经验|9773 次阅读|没有评论
基于RNA-seq的重复序列表达定量
刘洪波 2017-8-30 06:12
近期越来越多的研究关注重复序列在表观遗传调控中的作用，特别地，有些研究关注在特殊情况下重复序列表达转录本的情况，因此通过RNA-seq数据进行重复序列基因表达的需求越来越多。有两种方法可以实现这一目的，第一种利用bedtools对重复序列的read数进行count，第二种是基于cuffquant的重复序列表达定量。下面简单介绍两 ...
个人分类: 科研经验|4919 次阅读|没有评论
转录组数据处理之~~~gtf文件
刘洪波 2017-7-19 00:37
随着测序技术的不断发展，转录组的组装和分析成为生物信息从业者的家常便饭，当然大家也不免会遇到一个被格式化为gtf的文件，关于gtf文件的介绍请移步到http://mblab.wustl.edu/GTF22.html。因此各大基因组数据库均提供了该基因格式的下载，由于Ensembl与ENCODE计划的强强联合，因此在基因Annotation方面具有得天独厚的优 ...
个人分类: 科研经验|18864 次阅读|没有评论
如何制作BibTex格式的文献列表
热度 1 刘洪波 2016-1-27 11:37
最近在科研在线网站构建自己的 科研小窝 的时候，在导入发表的论文列表时，遇到了一个棘手的问题。该网站提供了三种方式提交，搜索、手动和BibTex格式批量导入。这个网站的搜索功能不敢恭维，输入本人的姓名什么也搜不到，在下又很懒，不想手动输入，于是乎想利用BibTex批量导入。第一次接触这个 ...
个人分类: 科研杂谈|20749 次阅读|2 个评论 热度 1
2016年度国家自然科学基金项目指南——尝鲜版
刘洪波 2016-1-16 15:39
又到了一年一季的标书撰写季，有多少科研工作者将在这两个月里熬灯苦读，研究最新的科学进展，提出新的设想，设计详细的实验方案，从而争取未来几年科学基金的支持。这对于从事基础研究，特别是无门无路、小兵小卒的我辈来讲，确实是无比重要的事情。 在撰写标书的开始，最 ...
个人分类: 科研杂谈|3622 次阅读|没有评论
生物信息学技术 之 如何进行物种间同源序列分析
刘洪波 2015-11-27 10:22
随着生命科学的发展，人们越来越关注基因或调控元件的物种间保守性，如何获取这些同源序列则成为生物信息学分析的常见内容。现将这方面的经验总结如下，希望对大家有所帮助！ 图文并茂版 ，请下载： Homologous sequence analysis.pdf ——————————————————————————— ...
个人分类: 科研经验|7733 次阅读|没有评论
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