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我自己的软件系统__分子矩阵分析系统

已有 5464 次阅读 2010-5-21 11:53 |个人分类:生活点滴|系统分类:论文交流| 生物信息学, 药物设计, QSAR

    今天博客首开,博士亦即将毕业了,在这里秀一秀自己辛苦开发的一个药物设计系统,虽然很简陋,但是毕竟是自己娃,希望有志者一起来讨论完善。

分子矩阵分析系统

(The Analysis System of Molecular Matrix, ASMM)

[1]系统说明:

    本软件是在博士攻读期间独立完成开发,系统分为三个部分::分子输入系统,:描述子计算系统,:数据分析系统。为了确保系统的正确性,在相同参数设置情况下,所有算法结果均经SPSS15.0和其它算法的外部软件,如独立的LIBSVM包,直接检验校正。

[2]开发工具:

       本软件以VC++2005和MatLab7.0为开发工具。

[3] 环境要求:

       1 .WINDOWS 2000/XP

       2. PC (586以上)机,将屏幕大小设为1280×800

[4] 功能介绍

分子输入系统

   分子输入系统通过批量读入SYBYL2格式分子文件,采用回溯算法,依据外部定义的标准子结构片段对读入的分子结构进行检查校正,确保输入分子结构的正确性。

描述子计算系统

    该系统主要是实现分子分子结构的数据化,它在读入分子结构文件的基础上,集成了分子结构描述子的自动计算,其中描述子主要包括3D-HoVAIFVmedEStatePmaif的计算,在这些描述子的计算中,均能够随意的改变原子分类方案和拓扑路径的计算方法,同时该部分亦提供了多肽的数据化计算系统。

数据分析系统

       该系统主要是实现对分子数据的自动化处理,提取合理结构参数进行设计分子预测分析,在该系统中主要包含的算法有主成份分析(PCA)、前向逐步线性回归(FSMLR)、前向逐步线性判别分析(FSLDA)、偏最小二乘回归与判别分析(PLSr and PLS_DA)、支持矢量机回归/分类(集成LIBSVM)和反向传播神经网络回归/分类(BPANN) 

[5] 程序设置界面系统

     界面很乱,以后再逐步细化。

描述子计算结果示例

 

PLS回归结果





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