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VMD 批量下载蛋白

已有 2317 次阅读 2016-5-28 13:49 |个人分类:软件|系统分类:科研笔记

https://github.com/thatchristoph/vmd-cvs-github/blob/master/plugins/pdbtool/pdbtool.tcl

VMD中PDBtool的源代码见上面的链接。

我们发现里面有download函数,但是并没有参数可以传递。

接着进行了一系列的尝试,发现可以设置包变脸pdbcode 以及pdbfile.

>Main< (VMD) 127 % ls *pdb
./:
1bmm.pdb   1fpb.pdb   4hbk.pdb   5eon.pdb   5j69.pdb



>Main< (VMD) 128 % foreach { pdbid } $pdblist {set PDBTool::pdbcoe $pdbid;set PDBTool::pdbfile $pdbid.pdb;puts $PDBTool::pdbfile;PDBTool::download}



https://blog.sciencenet.cn/blog-950202-980824.html

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