生物中的逆向工程技术（五）：利用相关系数得到直接相互作用网络

邵斌 2015-1-17 12:40

大家在实际科研中经常碰到一个问题，就是在实验中根据转录组数据后可以求出一个共表达网络，知道哪些基因一起表达但不知道基因之间实际是怎样相互作用的。共表达其实是基于基因之间的相关系数，而相关系数跟实际的作用机制大概是一个包含的关系。即有调控关系相关系数比较大，相关系数比较大不一定有调控关 ...

3436 次阅读|没有评论

科学杂志评出的年度十大进展

邵斌 2014-12-27 23:42

这周在翻最近的Science的文章，发现上周出了一期介绍了2014年几个breakthrough，看了看发现都挺有意思的，有几个我比较关心，在这做一点介绍。 返老还童的老鼠 这是一个比较有趣的实验，研究者把年轻老鼠和年老老鼠的血液循环系统连接到了一起，发现老年老鼠的大脑和肌肉系统竟然变得更有活力。这种实验技术可 ...

3964 次阅读|没有评论

介绍几款网络作图软件

热度 1 邵斌 2014-9-5 21:23

笔者是做生物网络的，日常工作中少不了做些网络图，这里向大家介绍几款相关软件。 1. pajek ，比较小巧易用，功能和layout也算比较多。应该读作bayak，原意是蜘蛛的意思，一张典型的图如下所示 这是一张讲生物网络鲁棒性的图，比较经典，已经是一本system biology书的封面 2. cytoscape ...

11029 次阅读|2 个评论 热度 1

作为算法的中医

热度 3 邵斌 2014-5-26 22:55

我在这谈谈我的看法，欢迎大家批评，转载请注明。现代很多人从科学方法出发研究中医，包括控制实验，动物模型，数理建模等等，不太接近传统做法。通而言之，我对这些努力持比较悲观的态度。我个人理解，中医跟某些算法是相近的，从算法的角度理解中医，或许可以帮助我们了解哪些研究看起来是可能的，而哪些不是。我的看法 ...

3445 次阅读|6 个评论 热度 3

见过的最无语的审稿意见

热度 1 邵斌 2014-3-29 16:26

Comments to the Author 1. Is the manuscript technically sound, and do the data support the conclusions? The manuscript must describe a technically sound piece of scientific research with data that supports the conclusions. Experiments must have been conducted rigorously, with appropriate con ...

7746 次阅读|2 个评论 热度 1

定量生物学需要的三个软件

热度 1 邵斌 2014-2-13 22:38

本文主要是依照个人经验而谈，在学习工作中经常碰到一些重复性劳动，若是能有一批可靠的程序来实现，那就善莫大焉了。如果大家能推荐已有的好软件，那是最好了。 第一类是进行参数拟合的软件，在利用常微分方程对生物系统进行建模的时候，经常会碰到调节参数这样的问题。对于一个系统，通常会有要调节的目标，要么是让 ...

4320 次阅读|1 个评论 热度 1

谈谈动物模型

热度 1 邵斌 2014-2-8 13:10

之前和中医药大学的同学聊天，说到中医现在也讲究动物模型了。比如要研究脾虚，要用小鼠做实验，怎么办呢？把老鼠扔到冷水里，让其挣扎到无力，然后再捞出来，就是脾虚的老鼠了。类似的要研究肝郁，就给老鼠饿几顿，再饱饱地喂几顿，再饿几顿，这样反复，老鼠怕就肝郁了。 这样的模型让我觉得颇有些喜剧效果，没 ...

3351 次阅读|2 个评论 热度 1

生物中的逆向工程技术（三）：布尔网络模型

热度 1 邵斌 2014-2-8 12:13

布尔网络是一类特殊的模型，在这种模型中， 每个结点代表一种基因或蛋白，其水平只取两个值，或是0或是。而网络中的连接则表示他们间的相互作用。在此基础上就可以建立布尔网络模型，令Si(t)表示结点i在t时刻的状态，则Si(t+1)=f(S(t))，其中f是依据模型而定的布尔函数。一种常用的取法是计算Sj(t)aji，其中aji为结点j对结 ...

5104 次阅读|8 个评论 热度 1

本页有 2 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏