Obabel 是一款处理小分子的软件，功能非常之强悍，之前发现在安装的时候有几个地方容易进坑，所以记下来以防止将来犯错误。那么具体如下：

第一步：安装一些必须的程序，例如CMake 2.4，  libxml2-dev ，  zlib1g-dev ， Eigen， libcairo2-dev   python-dev, 这其中dev结尾的软件，在ubuntu中都可以使用 apt-get install 命令来搞定，但Eigen似乎有点问题，但没关系，可以去eigen官网下载一个来使用，地址：http://eigen.tuxfamily.org.  拿到最新版本eigen后，当然也是要进行编译的。

tar -jxvf   eigen-eigen-323c052e1731.tar.bz2

cd 进入eigen文件夹

mkdir build

cd build 

cmake ../

sudo make && make install  (把它安装到系统底层去吧，不用太care，否则还得给它设定环境变量)

如此这些必须的软件具备了，才能进行下一步obabel的安装 

第二步：从obabel官网去下载最新版软件

地址：http://openbabel.org/wiki/Main_Page

然后本地解压，调整好所在路径位置。

tar -zxvf   openbabel-2.4.1.tar.gz

cd 进入obabel文件夹内

mkdir build

cd build

cmake  ../  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/安装路径    -DCMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG 

  -DPYTHON_BINDINGS=ON 

make&&make install

如此，这款软件在后面进行小分子构像计算时才不至于出错，记住eigen一定不能不装。