聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster(聚类)、 heatmap(热图)两个词表达的是同一个意思,往往相互替代。然而这两个词还是有区别的,cluster是数据处理,heatm ap 是数据展示。其过程是:用我们拿到的表达矩阵根据不同的聚类方法和不同的距离算法算出另外一个矩阵,然后对这 ...
为什么 pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路? G O 和K EGG 富集分析使用差异基因(上调基因,下调基因,或者上下调合起来的基因)作为输入,使用超几何分布等算法计算显著富集的G O term或者通路,然而,在实际数据处理中,这种使用p值和fold change 进行一刀切获得差异基因,然后进行富集分析 ...