博文
- 分久必合 -- 合并相同基因/探针的表达量
- 从芯片到测序，从转录组到蛋白组，基因名的问题一直困扰着我们。 芯片 一个基因会对应 N个探针集。以最常见的 Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array 为例， HOXD10 基因，对应着 229400_at 和 207373_at 等探针。若你研究这个基因，那么到底是以 229400_at 探针集的表达值作为 H OXD10 ...
- 做研究，该用hg19还是hg38基因组？一行代码将hg19的bw文件转成hg38
- 有没有想过这个问题：做研究的时候该用 hg19 还是hg38基因组？ 人类基因组版本现状 对于同一个物种，数据库中存在不同的基因组版本，以人类（ Homo Sapiens ）为例， UCSC 中有多个版本： Dec. 2013 (GRCh38/hg38) 、 Feb. 2009 (GRCh37/hg19) 、 Mar. 2006 (NCBI36/hg38) 等， ...
- 在线绘制圆形miRNA-靶基因，转录因子-gene等网络图
- 网络图简介 网络图是由节点（ node）和边( edge )构成的，节点代表生物学实体（例如基因，蛋白质等），边代表实体间的关联。网络图能够在有限的空间内展示不同元素间的相互关系，例如靶向关系，结合关系等。 在简单网络图的基础上，使用不同的形状、颜色等区分不同类型的生物学实体，使用不同粗细，线型等 ...
- 在线绘制GO、Pathway富集结果弦图
- 富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如G O 富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素：1，名字（G O term或者K EGG description ）；2，该名字中包含的基因；3，该名字中包含的基因的P值等。常见的绘图包括：气泡图，条形图。今天我们利用G O plot R 包，来绘制一个弦图（c ...
- “准五绝”水平的圆形层级网络图 – GO, Pathway，OTU物种分类
- 金轮法王，是金庸武侠小说《神雕侠侣》中的人物，因擅使金、银、铜、铁、铅五轮作为自己的兵器，因此获得“金轮法王”的称号。今天小编给大家带来的图，形似金轮法王的武器，放在文章中，妥妥的“准五绝”水平，一起来看看吧。 层级关系在生活中非常常见，例如一个省包含N个地级市，一个地级市又包括N个县级市 ...
- 左右双侧条形图展示基因本体论（GO）BP、CC、MF三合一富集分析结果
- 基因本体论（ Gene Ontology，GO）计划（http://www.geneontology.org）为注释基因、基因产物和序列开发了一套结构化的、受控词汇表。它被分成三部分：分子功能（Molecular Function，MF）、生物过程（Biological Process，BP）和细胞组分（Cell Component，CC）。 G O 功能富集分析结果，一般都会包含至少 4 列 ...
- 一图五维联合展示GO、Pathway富集分析结果
- GO 和Pathway富集分析是功能分析不可或缺的一部分，GO 和Pathway富集分析结果的展示也是五花八门：条形图，气泡图，山脊图等等。由于GO 分成三部分：生物过程（Biological process ）、细胞组分（Cellular component ）和分子功能（Molecular function ），因此结果展示中需要进行区分。今天微生信为大家带来一张漂 ...
- Times New Roman vs Arial，期刊论文如何选择字体？
- 熟悉我们微生信的 朋友 都知道，我们一直默认（唯一）使用的字体是 Arial ，但是经常有同学 想要 使用 Times New Roman 字体，千呼万唤始出来，近期我们将对所有模块添加这两种字体 的选项 。快跟小编一起来 了解下背景知识 吧。 1 ，字体简介 英文字体分为两种 ： 1) Serif 字 ...
- 还在单细胞测序？单核更出色
- 单细胞 RNA-seq （ single cell RNA-seq, scRNA-seq ）是目前用于细胞类型、细胞状态研究的核心工具，很多实验室也同时围绕 scRNA-seq 技术建立了多种计算方法并且优化了建库方法，不同方法在如何鉴别分子的细胞来源和文库建立方面有所区别。 scRNA-seq 技术不断革新、升级的同时，随之产生的高分辨、高通量数据 ...
- 2022年科技期刊最新影响因子在线查询系统
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- 1 ，影响因子简介 影响因子（ Impact Factor），简称IF，是汤森路透（Thomson Reuters）发布的期刊引证报告（Journal Citation Reports，JCR）中的一项数据。 计算方法为： 某期刊在 2022年的影响因子： X=以2022年为基点，该期刊在2020和2021年发表的论文被引用的总次数 Y=以2022年为基点，该 ...
