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[转载]ChIPWig -- 一种可随机访问的无损和有损ChIP-seq Wig数据压缩方法

2019-3-9 19:56

ChIP-seq实验产生了大量数据集，提出了重大的存储和维护挑战。为了解决这个问题，提出了一种专门为ChIP-seq Wig数据设计的无损和有损压缩框架，叫做ChIPWig。 ChIPWig能够随机访问，概括统计查询，它基于为不均匀量化器而设计的最佳点密度非对称理论。 在由ENCODE协会产生的10套ChIP-seq数据集上测试了ChIPWig压缩器 ...

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使用GitHub的star，watcher，forks衡量生物信息学软件影响力

2019-1-17 08:16

现代研究（特别是生命科学研究）越来越数据驱动（各种数据库，ncbi，ebi，pdb等等），并且依赖生物信息学软件（挖掘知识，而非积累数据）。但是工资不高啊！^_^ 寻找合适软件，评价软件的影响力都非常重要的。 传统上，人们使用期刊影响因子判断软件影响力，比如我Nature上的，总比你bioinformatics上的软件好吧？？？但 ...

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linux命令行操作百度云盘记录

2018-12-5 22:52

Background： 服务器上堆了一堆数据，原来要下到本地，然后上传到百度云给客户，太慢，且传来传去文件有损坏。 Methods： 直接在服务器上安装python包bypy（https://github.com/houtianze/bypy），使用命令行(+脚本)上传文件到百度云。 Results： 能够批量上传，并且一个命令搞定，省去了本地这个中间环节，节省了时间。 ...

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阿里云OSS对象存储，linux命令行使用记录

2018-8-26 09:34

最近数据交付开始使用OSS了，以前都是快递硬盘。比较了下，发现OSS超级快，1小时下载了近200g的数据，极大节省了数据上传下载时间。 传统的做法是测序公司邮寄移动硬盘（约1-2天），从移动硬盘拷贝到本地服务器（1-2h，若是云服务器的话可能还需要1-2天）。现在直接1h搞定。加快了50-100倍。 centos使用记录 1，安装 ...

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生命科学数据库集锦（1000+数据库），可以分类搜索

热度 1 2018-6-6 08:50

学生信的很多人都知道 omictools ，这个外国网站收录了10000+种组学相关工具，在线的，单机的都有。 今天介绍了国内收录的数据库网站。Database Commons （ http://databasecommons.org/ ），收录了1000多个数据库，分门别类，非常好，推荐给大家。 可以按照数据库类型（RNA，DNA，蛋白质等等），物种（h ...

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miRBase plus之miRCarta -- 全面收集miRNA，新候选miRNA

2017-11-8 22:45

众所周知，miRBase是miRNA研究的金标准数据库。但是，自2014年6月以来，就没有更新过（文章中这样说的，具体没有查）。那么，这3-5年以来，所有新miRNA预测文章就有可能有很多新miRNA是冗余的。正是因为没有一个统一的数据库，所以出现了这些问题。 这里，我们介绍一个新数据库，miRCarta，算是miRBase plus版。 ...

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用图形展示miRNA-seq中检测到的miRNA和未检测到的miRNA

2017-9-13 22:13

例如miRBase中有2000个人类成熟miRNA，miRNA-seq检测到了1500个，未检测到的为500个。如何用图形表示呢？ 柱状图 饼图，例如 还有没有其他类型的图呢？ 相当于雷达图，饼图等的杂合，不拘泥于传统图片展示方式，又很好地说明了图的意思。令人耳目一新。 看着像两把扇子。 参 ...

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