Affymetrix SNP6.0芯片分析

陈明杰 2022-5-16 11:18

Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0是唯一可以真正将CNP(拷贝数多态性)转化成高分辨率的参考图谱的平台。主要应用领域包括全基因组SNP分型、全基因组CNV分型、全基因组关联分析、全基因组连锁分析。除了进行基因分型外，还为拷贝数研究和LOH研究提供帮助，从而能够进行：UPD检测、 亲子鉴定 、异常的亲代起源 ...

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桑吉气泡图 -- KEGG富集气泡图升级版，5维展示富集结果

陈明杰 2022-5-15 10:13

K egg通路或者G O 本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/ dot 图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息： 名字，富集倍数（或者 gene ratio ）， P值，基因count。 例如： pathway enrichment ...

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零代码在线绘制GO富集结果GOcircle图

陈明杰 2022-5-14 09:10

什么是基因本体论（ G O ）？ 基因本体论（ Gene Ontology ， GO ， http://www.geneontology.org/ ）是国际基因功能分类系统，旨在建立一套随着研究动态更新的可控词汇表来限定和描述各个物种的基因和蛋白质功能。该数据库将收录的基因本体按照术语描述的内容不同，将所有基因本体分为三大类：生物过 ...

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[转载]权威综述：RNA m6A 与癌症

陈明杰 2022-5-13 09:43

近年来 m6A 修饰是表观转录修饰中的研究热点，围绕 Writer 、 Eraser 、 Reader 展开了多项研究，整个动态可逆过程影响了被修饰分子的翻译、剪切、转运和加工。疾病方面， m6A 调控异常可直接 影响 肿瘤发生进展，多项工作已经证明了 m6A 修饰在肿瘤学中的重要作用和分子机制。癌症是研究 m6A 的主要生物学领域，在 ...

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[转载]RNA m6A修饰工具大全

陈明杰 2022-5-11 16:07

两期公众号已经系统介绍了 RNA m6A 的发生、调控、序列、区域和功能方面的特征，给读者的感觉是， RNA m6A 已有的特征鲜明，在序列、调控过程已经形成了一定的共识，包括 motif DRACH 、明显富集于终止密码子区，对 RNA 的稳定性和翻译效率有明确的影响 ；但是 RNA m6A 的功能是多变的， ...

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[转载]RNA m6A修饰问题汇总（第二期）

陈明杰 2022-5-10 10:50

上期推出了第一期 m6A 修饰的相关问题汇总，解答了有关 m6A 修饰的一些入门级问题，本期继续推出相关问题汇总，深入探讨 m6A 机制研究的难点与挑战。 m6A 的研究故事怎么讲？之前的研究思路在自己所关注的疾病过程中是否适用？一直在讨论稳定性、翻译效率、降解等关键词，但 m6A 这些作用是普适性的 ...

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[转载]RNA m6A修饰问题汇总（第一期）

陈明杰 2022-5-9 13:41

RNA m6A 修饰无疑是表观转录组学中最受关注的研究内容之一，目前的研究已经表明， m6A 可能影响 mRNA 的运输、降解、翻译以及代谢等方方面面，这种转录后修饰参与多种病理生理过程。 mRNA m6A 研究该注意哪些问题？高通量测序获得的差异甲基化分子该如何挑选？下游分子实验该如何设计？纽科生 ...

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用inkscape编辑svg矢量图

陈明杰 2022-5-9 10:30

1 矢量图 科研作图，一般需要矢量图（绝大部分期刊都要求放矢量图）。那么什么是矢量图呢？ 专业描述：使用直线和曲线来描述的图形，构成这些图形的元素是一些点、线、矩形、多边形、圆和弧线等，它们都是通过数学公式计算获得的，具有编辑后不失真的特点。例如一幅画的矢量图形实际上是由线段形成外框 ...

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[转载]机器学习遇到单细胞组学：Perturbation Modeling

陈明杰 2022-5-7 17:04

细胞生物学的相关研究一直受限于数据的完整性和表型的完整性，对应激状态和稳态下的细胞区别观察不够充分。过去五年中，计算机视觉和语音识别领域通过对大量的无标签数据进行学习、建模，很好的解决了数据不足的问题。同样在最近的研究中，机器学习方法使用单细胞数据进行扰动建模也推动了细胞生物 ...

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