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桑吉气泡图 -- KEGG富集气泡图升级版，5维展示富集结果
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Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：
名字，富集倍数（或者gene ratio），P值，基因count。
例如：
pathway | enrichment | pvalue | count |
RNA transport | 4.807258641 | 1.56E-05 | 15 |
Epstein-Barr virus infection | 4.569261748 | 2.70E-05 | 16 |
HTLV-I infection | 3.814616521 | 0.000153244 | 17 |
Tuberculosis | 3.454180941 | 0.000351414 | 13 |
MAPK signaling pathway | 3.378131581 | 0.000418667 | 16 |
Neurotrophin signaling pathway | 3.212102971 | 0.000613617 | 10 |
Long-term potentiation | 3.000035266 | 0.000999919 | 7 |
Dopaminergic synapse | 2.967026455 | 0.001078881 | 10 |
Endocytosis | 2.841316731 | 0.001441064 | 15 |
Herpes simplex infection | 2.775219173 | 0.001677957 | 12 |
4维分析结果
做出来的例图如下（微生信平台免费在线做气泡图）
富集气泡图
该图包含的4维信息有：
1， Y轴的通路名（pathway，结果表格的第一列）
2， X轴的富集倍数（enrichment，结果表格的第二列）
3， 点的颜色（P值，结果表格的第三列）
4， 点的大小（count，该通路中包含的基因与输入基因列表交集的基因数）。
其中基因的信息就丢失了，那么我们能否将基因的信息也加入到图中呢？答案是肯定的！
让我们先来看看5维的分析结果，以clusterProfiler结果为例：
Description | GeneRatio | pvalue | geneID | Count |
Circadian rhythm | 0.014085 | 0.010497623 | RORA/RORB | 2 |
NOD-like receptor signaling pathway | 0.028169 | 0.03303255 | CASP8/TRIP6/MAPK8/CASP1 | 4 |
PPAR signaling pathway | 0.028169 | 0.008761306 | CD36/AQP7/LPL/CYP4A11 | 4 |
Viral myocarditis | 0.028169 | 0.009484362 | CASP8/MYH7/SGCB/SGCD | 4 |
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) | 0.042254 | 0.014532337 | MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A1 | 6 |
Dilated cardiomyopathy | 0.042254 | 0.020924238 | MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A1 | 6 |
Osteoclast differentiation | 0.049296 | 0.034284302 | LILRB5/MAPK8/FHL2/FCGR1A/IFNGR2/FOS/LILRB3 | 7 |
Phagosome | 0.049296 | 0.018180176 | TUBA3D/THBS4/SFTPD/CD36/FCGR1A/TUBA3E/DYNC1I1 | 7 |
Huntington's disease | 0.056338 | 0.001736229 | TBPL1/CASP8/VDAC3/CREB5/PPID/CLTB/NDUFA12/GRIN2B | 8 |
5维分析结果
根据这里的基因，我们可以在气泡图的基础上，添加一个基因维度，列出基因名字。若下图所示（瞬间眼前一亮有没有）
升级版的5维富集气泡图
该图左侧为基因，右侧为常规的气泡图。
包含的5维信息有：
1. Y轴的通路名（pathway，结果表格的第一列）
2. X轴的基因ratio（gene ratio，结果表格的第二列）
3. 点的颜色（P值，结果表格的第三列）
4. 基因名字（结果表格的第四列，图中左侧的桑吉图，连线表示隶属关系）
5. 点的大小（count，结果表格的第五列）
秉承一贯简洁的作用，微生信平台支持直接输入数据，就可以做出来这张桑吉气泡图，尝鲜版，赶紧试试吧！
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