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- [转载]Emeditor – windows平台最强文本编辑器，没有之一
- Windows平台有众多编辑器，我们最熟悉的就是windows自带的文本编辑器“记事本”。然后是各种其他编辑器，例如notepad，EditPlus等。综合多年经验，推荐一款windows平台最强文本编辑器 – Emeditor，没有之一，不服来辩！ 图1. EmEditor界面 图2. 15G文件 我就问你一句：高通量测序fastq文件 15G ...
- [转载]冬日送暖：美美的火山图，带基因标注哦
- 寒冷的冬季，一张美美的火山图，让你的心暖暖的！ 什么是火山图 火山图（Volcano Plot）是我们做芯片，RNA-seq等分析时常用的一种图，它能够清晰地展示显著上调和下调的基因，因作出来的图形如火山喷发（从0点开始往上，往两边扩散），故名。 例如图中，X轴一般表示log2的倍数变化（Cancer vs ...
- [转载]R包安装过程中出现ERROR: failed to lock directory解决
- 出现错误提示： ERROR: failed to lock directory 原因：网络不好，以前安装的未成功，残留文件 解决：删除R目录下lib64/R/library中的000lock文件夹 或者安装时候用 install.packages(Rcpp, dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))
- [转载]解决: g++: internal compiler error: Killed (program cc1)
- 错误现象： cc:Internalerror:Killed(programcc1) ... 大体上是因为内存不足,临时使用交换分区来解决吧 sudoddif=/dev/zeroof=/swapfilebs=64Mcount=16sudomkswap/swapfilesudoswapon/swapfile 编译完成，可以取消交换分区： ...
- [转载]R2G2 -- 在谷歌地球中进行数据定量可视化
- 将数据展示在谷歌地球上。 例如：A，温度；B，进化树；C，物种多样性。 下载： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/R2G2/ 参考： Quantitative visualization of biological data in Google Earth using R2G2, an R CRAN package
- FastQ Screen -- 调查fastq测序数据是否污染
- 高通量测序有时会有样品污染，如何判断是什么污染呢？ 最简单的做法是把常见的基因组建个索引，然后逐个比对，哪个比对最高，就是哪个污染。 有个软件叫FastQ Screen，替你完成这个工作。 当需要确认来源基因组时，需要针对多个基因组进行比对。针对多个基因组进行比对对检测污染或鉴定样品互换也是有用的 ...
- [转载]CircPro -- 鉴定具有蛋白质编码潜能的circRNAs
- 环状RNAs（Circular RNAs，circRNAs）是一类新的内源性RNAs，它们在真核生物细胞中广泛存在。circRNA在各种生物学过程中的新兴作用表明它是RNA世界中一个有希望的关键参与者。 大部分circRNAs是通过pre-mRNAs的反向剪接产生的，形成一个共价闭合环结构，没有5'帽和3' polyaA尾。此外，大部分circRNAs与翻译核 ...
- [转载]pBWA -- 使用并行BWA加速大规模下一代测序数据比对
- 高通量测序产生了大量数据。将这些数据比对到参考基因组上是计算密集且耗时的。而并行计算能够加速这个过程。 pBWA是一个高效并行版BWA，基于Open MPI库。pBWA保留了BWA原来的多线程能力，为其核心比对函数添加了高效并行能力。 显示pBWA的实际时间加速仅受并行系统大小限制。pBWA可以并行和多线程同时运行，极大地 ...
- [转载]Quake -- 检测和修正测序reads中的错误
- Quake使用最大似然方法结合质量值和核苷酸特异性错误识别率，检测和修正测序reads中的错误。使用Quake后，在从头装配和SNP检测中获得了大量改进。Quake能够用于任何大小的项目，包括超过10亿条人类reads。 修正搜索 每个（质量差的）节点，可以有3种修正状态（即共四种状态）。例如：T修正成A,C,G，三种状态。 ...
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