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Perl代码| 读书随想| 论文阅读| 生物信息学| 方法总结| troubleshooting|

vi 编辑器下无法显示语法高亮（vim可以）: 李雷廷 2017-3-14 16:09; 故障：无论如何参照网上搜索到的开启语法高亮的方法（syntax on, syntax enable 等），vi 编辑器就是无法显示颜色。解决方法：利用vim 命令打开文件，可以显示语法高亮；在 ~/bin/ 下做一个链接，让 vi 指向 vim。原因分析：事实上，vi 和 vim 是两个软件，vi 编辑器更古老一些，功能也更简单一些（也 ...; 个人分类: troubleshooting|3360 次阅读|没有评论

类 grep 程序 ack 的安装方法: 李雷廷 2017-3-14 14:19; grep 命令是 Linux 下最常用的命令之一，主要功能是搜索文本，支持简单模式和正则表达式。 ack 是一个利用 Perl 语言编写的，类似 grep 的程序，优点在于：速度快可以直接搜索包括子文件夹内容在内的整个文件夹（利用grep 实现这一功能比较麻烦）非常适合搜索代码库，是做 debug 的利器高度可移植。因为 ...; 个人分类: troubleshooting|2849 次阅读|没有评论

下载人类和动物基因组数据的方法: 李雷廷 2017-3-13 16:53; 背景：因需要下载人类或动物基因组的染色体序列文件和 GFF3/GTF 格式的基因注释文件，发现在 UCSC Genome Browser 网站上只能找到染色体序列文件，却找不到 GFF3/GTF 格式的文件，很困惑。 UCSC Genome Browser 主要存储人类和脊椎动物的基因组数据的网站，并部署了 Genome Browser 功能，方便浏览基因数据。而 Ense ...; 9643 次阅读|没有评论

重启服务器后丢失一个硬盘设备的问题（设备未挂载）: 李雷廷 2017-3-10 09:58; 操作系统：CentOS 6.5 背景：服务器扩容过一次，扩容的硬盘通过 parted 命令加入到了现有的分区表，挂载在 /terminator 路径下故障：重启服务器后，发现 /terminator 这个文件夹依然存在，但里面存储的内容都不见了故障排除方法： 1. 参考上次的经验，首先利用 sudo parted -l 查看分区表 ...; 3370 次阅读|没有评论

利用 pip 安装 Python 程序包到个人用户文件夹下: 李雷廷 2017-3-8 13:09; 利用 --user 参数，即 pip install --user package_name 这样会将Python 程序包安装到 $HOME/.local 路径下，其中包含三个字文件夹： bin ， lib 和 share 。然后修改 .bash_profile 文件使得 $HOME/.local/bin 目录下的程序加入到环境变量中 export PATH=\$HOME/.local/bin: ...; 11872 次阅读|没有评论

拟南芥的 rRNA 基因列表: 李雷廷 2017-3-8 10:26; 植物中的基因除了常见的编码蛋白基因，还包含许多不编码蛋白的 RNA 基因，核糖体 RNA （rRNA）即为其中一种。拟南芥中的 rRNA 共有15个，相比于 27416 个编码编码蛋白的基因，数量较少，其列表如下： AT2G01010 AT2G01020 AT3G41768 AT3G41979 ATCG00920 ATCG00950 ATCG00960 ATCG00970 ATC ...; 6458 次阅读|没有评论

“Error establishing a database connection”问题解决办法: 李雷廷 2017-3-6 12:09; 操作系统：CentOS 6.5 网站架构：Linux + Apache + MySQL + PHP/Perl 内容管理系统：Wordpress 故障：重启服务器后，Wordpress 网页无法正常打开，网页显示错误为“ Error establishing a database connection ” 故障排除方法： 1. 尝试重启MySQL服务命令 sudo service mysqld restart ，报错： “ Anoth ...; 6089 次阅读|没有评论

MobaXterm: 李雷廷 2017-2-21 20:08; 最近这几年我一直用一台 MacBook Pro 工作——写代码、连接 Linux 服务器、写论文等。我比较喜欢 MacOS 的风格，尤其是 “终端” 软件，数据分析、写程序基本都靠它。但也有几个地方用着不是很舒服，一是这台 MBP 配置较低，有时不太流畅；一是微软的 Office 软件实在不那么好用。现在换了一台 PC 机工作用——又重 ...; 5655 次阅读|没有评论

中翻英再投稿不可取: 热度 17 李雷廷 2016-11-17 15:57; 2015 年 12月 2 日，《园艺学报》发表了一篇《辣椒全基因组 WRKY 转录因子的分析》的论文［1］。 2016 年 2 月 23 日，《Frontiers in Plant Science》在线发表了一篇题为《Genome-Wide Identification and Expression Analysis of WRKY Gene Family in Capsicum annuum L.》的论文（2015 年 10 月 16 日投稿）［2］。 ...; 11962 次阅读|25 个评论热度 17

荔枝、龙眼、桂圆是三个不同物种吗？: 热度 2 李雷廷 2016-9-3 11:55; 荔枝、龙眼、桂圆这三个词（水果）偶尔会见到、听到、吃到，但这是它们是三个不同的物种吗，不深究的话可能会傻傻分不清楚。荔枝（学名： Litchi chinensis ）又名离枝、丹荔。龙眼（学名： Dimocarpus longan ），又称桂圆、荔枝奴、亚荔枝、燕卵。原来龙眼又称桂圆，是同一物种（桂圆通常指龙眼的果干）； ...; 10118 次阅读|4 个评论热度 2

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