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怎样做一个自己实验室的网站(一)
李雷廷 2015-9-23 15:59
用Google/Baidu直接搜索科学家的名字,一直有一个感觉,就是美国的教授们特别喜欢做一个自己实验室的网站,列举出来自己实验室的主要研究方向、人员、发表论文列表、联系方式,如果需要招人有时还挂上招聘广告。相对的,包括中国在内的其它国家的教授们就不是特别喜欢做自己实验室的网站。当然,这些年中国的信息化程度在 ...
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科学网检测移动设备漏洞
热度 1 李雷廷 2015-9-14 14:53
最近好长一段时间打开科学网都能在科学网顶部看到一个提示:“ 检测到您正在使用移动设备浏览,点击 此处 浏览科学网手机版,访问更加流畅。 ” 而事实上,我用的是苹果笔记本电脑(OS X 10.10.4,Safari浏览器),非手机或平板电脑。这是一个明显的检测错误,看着特别碍眼。 不知道科学网是因为操作系统而导致误判, ...
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Linux/BSD下join命令使数据以tab为分隔符的方法
李雷廷 2015-9-4 14:07
[join命令可以通过-t $'t'来把分隔符设为tab字符] 默认情况下,Linux/BSD下的join命令以空格为分隔符。即使你的输入文件是以tab为分隔符的,输出文件也会变成以一个空格为分隔的文件。假如你的数据中存在有空格的字符串,输出结果就会变得混乱,比如: file1.txt a hello b ...
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在github中删除已经同步过的commit
李雷廷 2015-8-5 10:36
git的流行和功能强大是毋庸置疑的,然而理解git的原理和掌握git的用法却不那么容易。 要删除已经同步的commit需要两步,第一步是从本地删除已经commit,利用命令: git reset --soft HEAD~1 删除最近的一个commit 然后将本地的HEAD文件强制覆盖github上的HEAD文件 git push origin HEAD --force 参考 ...
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needle和needleall
李雷廷 2015-8-3 16:05
生物信息学历史上有两个里程碑式的序列比对算法,一个用于两条序列的全局比对——Needleman-Wunsch算法,一个用于两条序列的局部比对——Smith-Waterman。这两种算法目前还有广泛的应用。 EMBOSS软件包中有两个程序分别应用了这两种算法,一个名为needle做序列全局比对,一个名为water,做序列局部比对。两个程序都需要输 ...
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使用datamash注意要对数据先排序
李雷廷 2015-7-27 14:27
[使用datamash时经常会忘记对数据先排序而导致结果出错,应该先用sort命令对数据排序,或用-s选项做排序] datamash是GNU项目下的一个软件,主要功能是在命令行下作一些数字、文本或统计运算,参见我之前的一篇博文(GNU datamash: http://blog.sciencenet.cn/blog-656335-838004.html )。在实际使用过程中,我经 ...
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一款强大的MacBook改键软件Karabiner
李雷廷 2015-7-25 23:17
我的电脑键盘上有几个键失灵了,一直都很惆怅,最近发现一款MacBook的改键软件Karabiner,非常实用。很快,我就实现了我想要的改键。Karabiner有一个曾用名为:KeyRemap4MacBook,其官网为: https://pqrs.org/osx/karabiner/index.html.en 参考资料: http://www.appinn.com/KeyRemap4MacBook/
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上传测序数据到NCBI SRA数据库
热度 1 李雷廷 2015-7-25 13:59
目前,测序类的论文,一般需要将原始测序reads数据上传到某个公开的数据库,然后在文章末尾标明数据存储位置和登录号。NCBI的SRA (Sequence Read Archive) 数据库( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ ) 是最常用的存储测序数据的数据库。然而要上传自己的数据到 NCBI SRA 对很多人而言,并不是一件容易的事。 要学会怎么 ...
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BLAST软件比对结果格式的转换
李雷廷 2015-7-24 16:12
[利用程序bp_search2table可以将多种BLAST比对结果的格式转换为表格格式(类似 -m 9)] BLAST软件的比对结果又很多种格式,如下: -m alignment view options: 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing identities, 2 = query-anchored no identities, 3 = flat query-anchored, show identities ...
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Mac下uTorrent的ipfilter.dat文件地址
李雷廷 2015-7-23 13:19
[ipfilter.dat 文件并不在 /Applications/uTorrent.app/ 文件夹里,在 ~/Library/Application Support/uTorrent/ 文件夹] uTorrent可以实现IP过滤,屏蔽特定IP地址的流量。 首先需要确认uTorrent的IP过滤功能是否开启,方法为用利用组合键 Command + Options + , 打开Preferences,在 Advanced 菜单栏,确认 ipf ...
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