SPRING: 一个新的 FASTQ 数据压缩工具

李雷廷 2018-12-13 09:37

高通量技术产生的巨量数据是以包含短的基因组序列、对应的质量数值和序列名称这些数据块的形式存在的。因为FASTQ数据集中这一显著的数据结构，通用的文件压缩工具（gzip, bzip2 等）不能很好地利用许多可继承地信息冗余。尽管现在已设计开发过很多 FASTQ 压缩工具，比如之前介绍过的 Quip 软件（《 利用Quip软件压缩FASTQ/ ...

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MapOptics: 一个轻量的、跨平台的光学图谱 alignment 数据可视化工具

李雷廷 2018-12-12 20:09

Bionano光学图谱可以在基因组组装的最后步骤辅助将 scaffold 序列锚定到染色体序列。但现有的可视化工具局限于Windows 操作系统，一般是为大尺度结构变异而开发的。2018年12月7日，《Bioinformatics》 杂志在线发表了 MapOptics 软件，这个软件是一个轻量的、跨平台的工具，可以让用户可视化 Bionano 光学图谱的 alignment ...

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Genome Research: 亚洲野生水稻驯化历史论文

李雷廷 2017-6-2 12:26

2017 年 4 月 6 日，Genome Reseaerch 杂志在线发表了一篇关于水稻群体遗传学分析的论文。北京遗传发育所的汪鸿儒和哥本哈根大学的 Filipe G. Vieira 为第一作者，北京遗传发育所的储成才和加州大学伯克利分校的 Rasmus Nielsen 为论文共同通讯作者。这篇论文的主要结论为：亚洲野生水稻是具有广泛基因流的杂交群，是从驯 ...

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中翻英再投稿不可取

热度 17 李雷廷 2016-11-17 15:57

2015 年 12月 2 日，《园艺学报》发表了一篇《辣椒全基因组 WRKY 转录因子的分析》的论文［1］。 2016 年 2 月 23 日，《Frontiers in Plant Science》在线发表了一篇题为《Genome-Wide Identification and Expression Analysis of WRKY Gene Family in Capsicum annuum L.》的论文（2015 年 10 月 16 日投稿）［2］。 ...

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sci-hub的有效网址

热度 3 李雷廷 2016-7-25 17:12

sci-hub曾经的网址包括：sci-hub.org 和 sci-hub.io 现在的有效网址为： sci-hub.bz 和 sci-hub.cc （国内连接速度较慢） 目前有一个国内的模仿sci-hub的网站具有类似的功能： sci-hub.cn 。如果无法连上正牌sci-hub网站，可以尝试sci-hub.cn。与正牌sci-hub的区别在于： sci-hub.cn 的主页是一个Google Schol ...

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物种树与基因树不一致：拟南芥属所有物种基因组重测序

热度 1 李雷廷 2016-7-20 20:13

2016年7月18日，《Nature Genetics》期刊在线发表了题为“ Sequencing of the genus Arabidopsis identifies a complex history of nonbifurcating speciation and abundant trans-specific polymorphism ”的研究论文。研究作者来自奥地利、德国、瑞士等国。 目前已知拟南芥属共有27个物种，其中完成了 ...

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二代深度测序结合三代测序获得了N50为 12.8Mb 的拟南芥Ler基因组

热度 1 李雷廷 2016-7-10 10:48

2016年6月27日，PNAS期刊在线发表了《Chromosome-level assembly of Arabidopsis thaliana L er reveals the extent of translocation and inversion polymorphisms》的研究文章。 尽管世界上广泛报道、解析了各种类型的拟南芥基因组序列，但这些重建的基因组中大多数是基于短 DNA 测序序列与一个参考基因 ...

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南半球海草基因组论文发表于《Plant Physiology》

李雷廷 2016-7-6 13:44

（图片来源：http://www.mesa.edu.au/seagrass/gallery.asp） 2016年7月3日，南半球海草（ Zostera muelleri ）基因组论文发表于 Plant Physiology 杂志上。 海草（seagrass）是从陆地植物演化而来的海洋开花植物。大约 1.4 亿年前，在单子叶植物进化早期阶段，海草从陆地返回海洋。它们成功适应了与 ...

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Kallisto: 一个RNA-seq数据快速量化软件

李雷廷 2016-6-13 09:30

（图片来源： http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3519 ） 2016年4月4日，Nature Biotechnology 杂志上发表了一篇题为“ Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification ”的论文，主要内容是介绍一款 RNA-seq 数据量化软件 kallisto。所谓 RNA-seq 数据量化指的是从 RNA-seq 的测序数据中计算出每一个基因的 ...

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