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利用Quip软件压缩FASTQ/SAM/BAM文件

已有 8493 次阅读 2016-6-1 21:58 |系统分类:科研笔记

Quip 软件的功能是无损压缩测序数据文件,支持FASTQ/SAM/BAM格式,相比于常用的gzip 和bzip2压缩方法,quip能极大的提高压缩比率,各种压缩方法的对比如下图。quip一般可以压缩到20%以下。

Quip的主页:http://homes.cs.washington.edu/~dcjones/quip/

Quip的源代码:https://github.com/dcjones/quip

介绍Quip的论文于2012年发表于《Nucleic Acids Research》上:http://nar.oxfordjournals.org/content/40/22/e171 


虽然硬盘价格一直在下降,但一般一个实验室存储容量不会经常更新,而测序数据却源源不断地涌来。所以,为了节约空间,推荐利用Quip软件压缩测序文件。


Quip的简单使用方法:

压缩文件:quip lane.fastq

解压缩文件:quip -d lane.fastq.qp

不同于gzip 和 bzip2,quip在压缩或解压缩后,不会删除源文件。Quip文件的后缀为.qp。

需要注意的是,最好不要合并多个FASTQ文件后再压缩,会影响压缩效果。



https://blog.sciencenet.cn/blog-656335-981810.html

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