限制性位点关联 DNA 测序（RADseq）是一种广泛地应用于群体遗传学、系统发生学和遗传图谱的有力工具。虽然目前有很多软件用于生态和进化研究，但从RADseq数据中提取基因型数据用于遗传作图的有效工具还很少。基因型数据是做数量性状位点定位、比较基因组学和基因组组装等研究的前提。

2018 年 11 月 14 日，南京林业大学的童春发实验室在 Briefings in Bioinformatics 杂志在线发表了题为“gmRAD: an integrated SNP calling pipeline for genetic mapping with RADseq across a hybrid population”的论文。该文展示了一个整合的 pipeline 名为 gmRAD，用于从一个双亲杂交的遗传作图群体中从头生成单核苷酸多态性（SNP）基因型。作为一种分析策略，这一软件分为五个步骤以实现整合算法，包括亲本 reads 的聚类、构建双亲模板、生成亲本 SNP 目录、在所有个体中鉴定 SNP 基因型，以及过滤用于遗传连锁作图的基因型数据。所有这些步骤可以通过一个简单的命令行完成，但也可设置不同的参数运行。

为了验证软件的有效性，该文还利用 gmRAD 分析了一组真实世界的 RADseq 数据，来自于 Populus deltoides 和 Populus simonii 的 F1 代杂交群体。

该软件可免费使用，源代码地址为：https://github.com/tongchf/gmRAD。

有趣的是，这篇论文的在摘要部分把小叶杨的拉丁学名写错了，应该是 Populus simonii（小叶杨），而不是 Prunus simonii（红叶李），参见如下截图。

通过其在 NCBI 上数据（PRJNA273911/）的介绍，及其实验室 2016 年在 PLoS ONE 上发表的该杂交群体的遗传图谱论文看，这里确实写错了，应该是 Populus simonii，而不是 Prunus simonii 。而且， Populus 和 Prunus 不仅是不同的属，还分属不同的科，前者属于杨柳科（Salicaceae），后者属于蔷薇科（Rosaceae），不可能实现杂交。

参考资料：

1. Dan Yao, Hainan Wu, Yuhua Chen, Wenguo Yang, Hua Gao, Chunfa Tong. (2018) gmRAD: an integrated SNP calling pipeline for genetic mapping with RADseq across a hybrid population. Briefings in Bioinformatics, bby114. https://doi.org/10.1093/bib/bby114

2. https://github.com/tongchf/gmRAD
   

3. 南京林业大学童春发老师介绍 http://gs.njfu.edu.cn/gmis/xkjsb/yjsdsfc.aspx?id=31926F64039944ABA860B15A6371FCC2

4. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA273911/

5. Tong et al. (2016). Construction of high-density linkage maps of Populus deltoides x P. simonii using restriction-site associated DNA sequencing. PLoS ONE, 11(3):e0150692. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0150692

欢迎关注“植物基因组”微信公众号

搜索微信公众号“植物基因组”或“plant-genomes”关注