为了研究真核细胞中染色质是否以及如何影响 CRISPR-Cas9 在靶和脱靶活性。2018 年 11 月 9 日，Genome Research 杂志 Daesik Kim 和 Jim-Soo Kim 在线发表了关于这一问题的研究结果。作者首先在人类基因组的染色质开放区域和染色质关闭区域分别鉴定了一系列的完全一致的内源 DNA 序列，然后利用 Cas9 与完全匹配和错配的 sgRNA 在人类细胞中测量这些位点的突变频率。结果发现，相比于完全匹配的 sgRNA，错配的 sgRNA 对染色质状态高度敏感，说明相比于在靶 DNA 剪切，脱靶 DNA 剪切是受染色质阻碍的。作者接着分别利用脱细胞的染色质 DNA 和无组蛋白的 DNA 做 Dignome-seq（前者新命名为 DIG-seq）。Digenome-seq 是利用 Cas9 消化的基因组 DNA 测序的意思，用于检测 CRISPR-Cas9 的脱靶效应。结果发现，无组蛋白 DNA 中检测的切割位点中只有一部分位点在染色质 DNA 中也被切割，说明染色质可以抑制 Cas9 的脱靶效应，有利于 Cas9 在细胞中基因组水平上的特异性。

染色质结构在 Cas9 编辑效率上的效果

参考资料：

Daesik Kim, Jin-Soo Kim. DIG-seq: a genome-wide CRISPR off-target profiling method using chromatin DNA. Genome Research, 28:1894-1900. https://doi.org/10.1101/gr.236620.118

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