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R/Bioconductor与转录组数据分析(5)

已有 3324 次阅读 2018-12-3 15:30 |系统分类:科研笔记| 转录组数据分析

从转录组中提取感兴趣的基因子集

1、读入转录组数据

expdata <- read.table("GSE119382expr.txt",header = T)

expdata <- expdata[-c(1:5),]   #去除前5行不需要的数据

2、读入自己的基因列表

genelist <- read.table("gene_id_name.txt",header = T,sep = "\t")

3、提取子集

方法一:用merge,可保留两个表的信息

colnames(genelist)[1] <- "ID"   #把合并的依据列名称统一

terp_expdata1 <- merge(expdata,genelist,by = "ID")


image.png

【%in%,网页上有乱码,只好贴图】



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