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- 网络动物园：基因调控网络推断和分析的多语言包
- 网络动物园：基因调控网络推断和分析的多语言包 生物表型是由一个复杂的相互作用元素网络驱动的，该网络定义了细胞类型并决定了对扰动的反应。这些相互作用可以通过评估生物元件、它们的共表达和它们的共同依赖性之间的物理结合来建模，以确定共同控制给定表型出现的功能模块。一种特殊类型的网络是基因调控网 ...
- CROST：空间转录组综合数据库
- CROST ：空间转录组综合数据库 空间转录组学是一个新兴领域，其重点是理解这种空间组织背景下的基因表达模式。虽然传统的和单细胞转录组学技术在组织和细胞水平上对基因表达水平提供了有价值的见解，但它们缺乏组织内基因表达的空间分布信息。另一方面，空间转录组学将空间信息与转录组学数据结合起来，提 ...
- RNA研究的最新前沿
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- RNA 研究的最新前沿 我们对 RNA 的多功能性和重要性的理解已经急剧扩大，因为它的作用最初被描述为与核糖体和蛋白质合成相关的核酸。长期以来，人们一直认为 RNA 是细胞遗传信息仓库 (DNA) 和主要成分 ( 蛋白质 ) 之间的中介，而在细胞内和细胞间发现的许多类型的 RNA ，它们的功能角色和作用 ...
- circMine：整合、分析和可视化人类疾病circRNA转录组的综合数据库
- circMine ：整合、分析和可视化人类疾病 circRNA 转录组的综合数据库 环状 RNA (circRNA) 是真核生物中由前体信使 RNA (mRNA) 反向剪接产生的共价封闭内源性 RNA ，它们主要是通过深度测序技术发现的。研究表明， circRNAs 通过充当 microRNA (miRNA) 海绵、竞争内源性 RNA (ceRNA) 、蛋白 ...
- CancerProteome：破译癌症中蛋白质组景观资源
- CancerProteome ：破译癌症中蛋白质组景观资源 精准医疗依赖于对特定分子变化的识别，从而对患者进行分层并选择有效的治疗方案。近年来，基因组学和转录组学在探索癌症易感性方面已经变得系统化，然而，癌症复杂的本质表明，仅靠基因组学不足以指导癌症患者的临床治疗。 蛋白质是细胞基因组编 ...
- NetSeekR：RNA转录组时序数据的网络分析管道
- NetSeekR ： RNA 转录组时序数据的网络分析管道 在过去十年中，由于 NGS 数据 ( 即 STAR ， HISAT) 的可用性，开发了多个 RNA 转录组数据分析管道，提高了分析性能。这些管道通常运行在研究中心或云计算服务器上的大型计算平台上，提供从数百万个 reads 到数千个基因表达估计的数据摘 ...
- 识别单个肿瘤的癌症驱动基因
- 识别单个肿瘤的癌症驱动基因 虽然治疗癌症的新方法的发展改善了某些癌症类型患者的生存前景，但其他癌症类型的死亡率却急剧上升。例如，在澳大利亚和美国，肝癌、胰腺癌、甲状腺癌和子宫癌的死亡率在过去四十年中稳步上升，预计其死亡率在未来将急剧上升。不出所料，这些癌症通常不能手术，缺乏有效的化疗选 ...
- 利用agoTRIBE检测单细胞转录组内miRNA靶标
- 利用 agoTRIBE 检测单细胞转录组内 miRNA 靶标 miRNA 是小的非编码 RNA ，其转录后调节蛋白质编码基因的表达。从机制上讲，它们引导 Argonaute 效应蛋白到达信使 RNA 靶点，允许 Argonaute 和辅助因子抑制 mRNA 的翻译和 / 或促进降解。 miRNA 几乎存在于所有多细胞动物和植物中 ...
- 单细胞基因组学似是而非的艺术
- 单细胞基因组学似是而非的艺术 “大数据”基因组数据集的高维性使得降维技术在过滤噪声、实现可处理计算和促进探索性数据分析 (EDA) 方面得到了广泛的应用。表面上看，这种简化的目标是从数据中保存和提取局部和 / 或全局结构，用于生物推理。常用技术的试错应用导致了目前流行的工作流程，将初始降维到 ...
- 使用机器学习发掘抗衰老药物
- 使用机器学习发掘抗衰老药物 衰老是一种以细胞周期停滞、大分子损伤和代谢改变为特征的细胞状态。衰老表型可由多种细胞和环境应激因素触发，包括复制衰竭、致癌激活、化疗和放疗，并且已知对组织微环境有有益和有害的影响。例如，衰老有助于哺乳动物胚胎发育，促进伤口愈合和干细胞发育，并且是一种有效的肿 ...
