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- 自闭症谱系障碍中的统计学习研究进展
- 自闭症谱系障碍中的统计学习研究进展 自闭症谱系障碍（ ASD ）的特点是持续存在社交情感互惠的缺陷，以及存在局限性和重复行为和兴趣。在利用可靠的时间关系来指导未来学习和行为的能力方面的差异 —— 即预测 —— 已被提出是自闭症表型的显著贡献者；这一假设被称为自闭症中的预测障碍（ PIA ）。然 ...
- scAMVIB：利用自适应多视角信息瓶颈进行多组学数据聚类
- scAMVIB ：利用自适应多视角信息瓶颈进行多组学数据聚类 在多细胞生物中，细胞多样性源自单个祖细胞，通过分子和遗传调控机制产生，尽管体细胞谱系之间存在相同的基因组。这种现象被称为细胞异质性，表现为不同分化细胞群体中独特的表型和功能状态。单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）已成为一项变革性 ...
- CoFormerSurv：用于多组学生存分析的协同Transformer
- CoFormerSurv ：用于多组学生存分析的协同 Transformer 生存分析利用多个解释变量来预测事件发生的时间，这一直是生物医学研究领域的热门话题。生存分析的主要挑战是事件时间数据高度偏斜，有些事件发生在中位数之外，以及因失访或研究终止而导致的审查现象。临床上，癌症患者的生存分析仍主要依赖低维 ...
- 单细胞基因组学中预处理和整合方法的基准测试
- 单细胞基因组学中预处理和整合方法的基准测试 技术进步显著提升了我们生成高通量单细胞基因表达数据的能力。然而，单细胞数据通常来自多个实验，在捕获时间、人员、试剂、设备和技术平台等方面存在差异，导致数据存在较大波动。单细胞数据通常来自多个实验，捕获时间存在差异，这可能会在数据整合过程中混淆生 ...
- circDiscoverer：circRNA-蛋白质互作资源
- circDiscoverer ： circRNA- 蛋白质互作资源 之前被认为仅仅是异常剪接的副产物，环状 RNA （ circRNA ）在 RNA 生物学领域因其对多种细胞过程的调控功能重要性而获得了显著关注。 circRNA 通过与 miRNA 、蛋白质和编码蛋白质相互作用发挥作用。 circRNA 的功能证据首先通过其作为 miRNA ...
- CircTarget：多种细胞类型circRNA调控综合数据库
- CircTarget ：多种细胞类型 circRNA 调控综合数据库 环状 RNA （ circRNA ）是共价闭合的 RNA 分子，主要通过 pre-mRNA 反向剪接形成，即下游的 5' 剪接供体位点与上游的 3' 剪接受体位点连接，形成特有的反向剪接接头（ BSJ ）。这个过程在整个转录组中产生了数十万个不 ...
- 单细胞RNA数据标准化基准测试
- 单细胞 RNA 数据标准化基准测试 近年来，单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）已成为生命科学领域的一项开创性技术，为研究人员提供了前所未有的洞察力，深入了解细胞异质性和识别稀有细胞群体。 Luo 等人整合了五种不同自身免疫性疾病外周血细胞的 scRNA-seq 数据，揭示了 18 种不同的免疫细 ...
- RNA流速推断算法基准测试
- RNA 流速推断算法基准测试 高通量测序的快速发展，特别是单细胞 RNA 测序和空间组学，为研究细胞动态如分化、异质性和细胞周期等开辟了新途径。传统的轨迹推断方法通过施加预定义的结构假设来重建这些动态，例如线性结构、树状结构或基于不连接图的拓扑结构。这些轨迹推断方法仅基于基因表达的静态快照 ...
- Pertpy：扰动分析的端到端框架
- Pertpy ：扰动分析的端到端框架 理解细胞对刺激的反应对于描述生物现象和机制至关重要。单细胞数据已越来越多地从观察性实验转向扰动实验，包括基因修饰、化学处理、物理干预、环境变化、疾病及其组合。 Perturb-seq 、 CROP-seq 和 Sci-plex 等技术利用单细胞读数来大规模捕捉扰动。通过监测细胞 ...
- 通过交集基数凹度检测动态因果性
- 通过交集基数凹度检测动态因果性 与统计相关性相比，因果关系为复杂系统中变量之间的关系提供了更深入的理解和描述。因果推理算法已广泛应用于自然科学和工程领域的许多领域，如地球科学、经济学、医学、神经科学和机器学习。量化因果关系的研究工作可以追溯到 20 世纪 20 年代初 Neyman 的开创性 ...
