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scMTNI：从单细胞组数据集推断细胞谱系上的细胞类型特异性基因调控网络: 张俊鹏 2023-8-18 08:46; scMTNI ：从单细胞组数据集推断细胞谱系上的细胞类型特异性基因调控网络转录基因调控网络（ GRNs ）指定调控蛋白和靶基因之间的联系，并决定基因的空间和时间表达模式。这些网络在动态过程（如发育或疾病进展）中重新配置，以指定细胞类型特异性表达水平。单细胞组学技术的最新进展，如单细胞 RNA ...; 个人分类: 科普|1241 次阅读|没有评论

MultiVI：多模态数据集成的深度生成模型: 张俊鹏 2023-8-16 09:49; MultiVI ：多模态数据集成的深度生成模型以单细胞分辨率分析转录和染色质可及性景观技术的出现对细胞类型和状态的编目至关重要。然而，单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）和转座酶可及染色质测序的单细胞测定（ scATAC-seq ）的大多数用途都受到限制，使得给定的细胞只能通过一种技术进行分析。最近 ...; 个人分类: 科普|1237 次阅读|没有评论

推断人类神经发生过程中细胞类型特异性因果基因调控网络: 张俊鹏 2023-8-14 13:29; 推断人类神经发生过程中细胞类型特异性因果基因调控网络全基因组关联研究（ GWAS ）已经确定了许多与神经精神疾病风险相关的常见遗传变异以及其他大脑相关特征（如皮层结构）的个体间差异。单独的 GWAS 研究并不能产生分子、细胞和系统水平的因果通路，通过这些通路发现的遗传变异会影响性状。鉴于非编 ...; 个人分类: 科普|768 次阅读|没有评论

癌症系统生物学通路图普查: 张俊鹏 2023-8-11 07:07; 癌症系统生物学通路图普查尽管人类基因组计划使快速测序基因组中的所有基因成为可能，但系统生物学的一大焦点一直是确定这些基因在功能上如何相互关联，从而产生大分子网络和信号通路图。在过去的十年里，一系列突破性的技术显著加速了信号通路绘制，包括基因编辑、核酸测序、蛋白质组学和机器学习。在这些 ...; 个人分类: 科普|725 次阅读|没有评论

RIMA：肿瘤免疫表征的Bulk转录组数据综合计算分析: 张俊鹏 2023-8-9 08:27; RIMA ：肿瘤免疫表征的 Bulk 转录组数据综合计算分析在过去的二十年里，免疫系统在肿瘤进展和转移中发挥着重要作用。癌症免疫疗法利用患者的先天性和适应性免疫系统攻击癌症细胞。这些免疫疗法包括针对细胞毒性 T 淋巴细胞相关蛋白（ CTLA ） -4 、程序性死亡 1 （ PD-1 ）和程序性死亡 ...; 个人分类: 科普|883 次阅读|没有评论

TRUST4：从批量和单细胞转录组数据中重建免疫系统: 张俊鹏 2023-8-7 08:40; TRUST4 ：从批量和单细胞转录组数据中重建免疫系统 T 细胞和 B 细胞都可以通过体细胞 V(D)J 重组产生不同的受体（分别为 TCR 和 BCR ）库，以识别各种外部抗原或肿瘤新抗原。在抗原识别之后， BCR 还经历体细胞超突变（ SHM ），以进一步提高抗原结合亲和力。在传染病、过敏、自身免疫、肿 ...; 个人分类: 科普|1267 次阅读|没有评论

弥合多组学差距: 张俊鹏 2023-8-4 09:36; 弥合多组学差距就像读取映射工具改变了基因组序列分析一样，将新数据集映射到已建立的参考数据的能力为单细胞基因组学领域提供了一个令人兴奋的机会。作为完全无监督聚类的替代方案，监督映射方法利用大量精心策划的引用来解释和注释查询配置文件。这一策略是通过管理和公开发布参考数据集以及开发新的计算 ...; 个人分类: 科普|763 次阅读|没有评论

单细胞多组学时代的基因调控网络推理: 张俊鹏 2023-8-2 08:42; 单细胞多组学时代的基因调控网络推理细胞调节基因转录以协调细胞对细胞内和细胞外信号的反应。转录在很大程度上受转录因子（ TF ）的调节，转录因子是一种与 DNA 的特定序列（ DNA 结合位点）结合的蛋白质，可以对靶基因的转录率产生积极或消极的影响。基因组 DNA 与结构蛋白紧密堆积在核小体复合 ...; 个人分类: 科普|1034 次阅读|没有评论

癌症定义的更新版本: 张俊鹏 2023-7-31 07:57; 癌症定义的更新版本癌症的大多数定义大体上符合 NCI 目前的定义： “ 癌症是一种疾病，其中身体的一些细胞无法控制地生长并扩散到身体的其他部位 ” （见表 1 ）。这些定义倾向于描述癌症 “ 看起来 ” 或 “ 做了什么 ” ，但没有描述癌症 “ 是 ” 或 “ 已经成为 ” 什么。虽然 ...; 个人分类: 科普|795 次阅读|没有评论

非编码RNA在人类癌症中的新作用: 张俊鹏 2023-7-28 09:01; 非编码 RNA 在人类癌症中的新作用人体中的蛋白质是通过 RNA 的转录和翻译获得的，但研究表明，人体中只有 2-3% 的基因可以编码蛋白质。其余的是不编码蛋白质的 ncRNA ，科学家曾认为 ncRNA “ 无用 ” 。自从 20 多年前在隐杆线虫中发现 lin-4 和 let-7 以来，对 ncRNA 的研究 ...; 个人分类: 科普|951 次阅读|没有评论

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