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- 从生源到深度建模：miRNA-疾病预测计算方法的全面综述与实验比较
- 从生源到深度建模： miRNA- 疾病预测计算方法的全面综述与实验比较 遗传信息通过转录过程从 DNA 传递到信使 RNA （ mRNA ）。随后，在核糖体 - 转运 RNA 辅因子复合体中， mRNA 根据 DNA 编码的遗传指令进行翻译，从而促进蛋白质合成。除了编码蛋白质的 mRNA 外，细胞还含有大量 ...
- MiRformer：预测miRNA-mRNA相互作用的双Transformer编码器框架
- MiRformer ：预测 miRNA-mRNA 相互作用的双 Transformer 编码器框架 微小 RNA （ miRNA ）是长度约为 22 个核苷酸的内源性非编码 RNA ，通过与靶标信使 RNA （ mRNA ）结合来调控基因表达，导致其降解或翻译抑制。每个 miRNA 可以靶向数百个 mRNA ，形成复杂的转录后调控 ...
- DEEP-PLANT：植物调控基因组监督基础模型
- DEEP-PLANT ：植物调控基因组监督基础模型 解析 DNA 序列如何在复杂的真核基因组中产生基因调控活性，从转录因子结合和染色质可及性到组蛋白修饰和基因表达，仍然是基因组学中的一个核心挑战。这一挑战，通常被称为序列到功能问题，旨在利用现代深度学习结合大型数据集来揭示顺式调控元件如何控制发育 ...
- 后基因组时代生物学大数据分析：应用与局限性
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- 后基因组时代生物学大数据分析：应用与局限性 后基因组时代的特点是通过下一代测序等高通量技术产生了前所未有的生物数据，包括转录组学、蛋白质组学和大规模表型分析。测序平台和基于组学的实验技术的进步将生物研究从数据受限转变为数据密集型，使人们能够在不同的生物系统中全面解析基因组、转录组和蛋白质 ...
- CHARM：通过单细胞四组学测序解析基因调控图谱
- CHARM ：通过单细胞四组学测序解析基因调控图谱 细胞核基因组在基因调控中起着核心作用，并编码多层表观基因组信息。在基本层面上，基因组 DNA 紧密缠绕在组蛋白上形成核小体，这限制了除启动子和增强子等可及区域外对调控元件的访问。组蛋白携带翻译后修饰，如甲基化和乙酰化，通过调节染色质状态和招 ...
- PymiRa：一种快速准确的小非编码 RNA 分类工具
- PymiRa ：一种快速准确的小非编码 RNA 分类工具 从测序数据中鉴定小非编码 RNA （ sncRNA ）是一项日益重要的生物信息学任务。 sncRNA 在调节细胞过程和调控基因表达中具有重要作用。一类被充分表征的 sncRNA 是微小 RNA （ miRNA ），它们是基因表达的关键转录后调节因子；其失调 ...
- 扩展生物信息学：迈向从数据到理论的范式转变
- 扩展生物信息学：迈向从数据到理论的范式转变 生物信息学是一个跨学科领域，整合了生物学、计算机科学、数学、统计学等，在 20 世纪 60 年代作为一个独立学科出现。自那时起，在多个相关领域的快速进步推动下，并得益于人类基因组计划（ HGP ）等几个里程碑式的基因组计划于 1990 年启动的加速 ...
- Lingshu-Cell：构建虚拟细胞的生成式细胞世界模型
- Lingshu-Cell ：构建虚拟细胞的生成式细胞世界模型 在过去十年中，大规模单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）数据集的快速扩展使得对不同组织、物种和生理条件下的细胞状态进行越来越全面的表征成为可能。然而，基于这些图谱的分析大多仍以描述性为主，侧重于注释、聚类和比较表征，而非预测建模。因此， ...
- 相关混合数据因果发现及其在基因调控网络推断中的应用
- 相关混合数据因果发现及其在基因调控网络推断中的应用 因果发现旨在从观测数据中识别变量之间的潜在因果关系。它通常通过有向无环图（ DAG ）的框架来形式化，其中 DAG 的节点表示随机变量，边表示变量之间的因果关系。具体来说，设 V = { V₁ , ..., Vₚ } 表示一组 p 个随机变 ...
- D-LIM：用于可解释基因互作的神经网络
- D-LIM ：用于可解释基因互作的神经网络 理解基因型到适应性的映射是进化适应、遗传疾病生物医学研究、传染病传播和药物抗性的核心。基因组突变影响某些分子参数，例如蛋白质的稳定性、结合亲和力、动力学速率、表达水平，这些称为表型。反过来，这些参数通过代谢和调控网络相互耦合，最终决定生物体的适应 ...
