利用bioperl建立索引文件及提取序列

热度 1 闫双勇 2013-12-8 17:28

适用情形：需要从包含多个FASTA序列的文件中，根据序列名提取其中部分FASTA序列。一般情况，这个序列文件中包含的序列数量比较多，例如水稻基因组全部预测基因的序列，每个序列为一个fasta文件。主要为两步：第一步，建立索引文件。第二步，提取需要的序列。在这两步间还有一个准备步骤。 第1步的脚本文件 ...

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略评“种业硅谷”

闫双勇 2013-12-1 20:00

新闻链接： http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2013/12/285692.shtm ，标题： 中国杂交水稻发源地湖南将建“种业硅谷”。呵呵，个人以为：叫所谓的“种业硅谷”，还不如叫“稻谷”。这样取名才有和硅谷齐名的机会，种业硅谷给人一种，硅谷的分支机构的感觉，干得再好也在它的阴影下笼罩。此名大不妙也！稻谷者谁欲为之？ ...

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变异效应预测工具Variant Effect Predictor

闫双勇 2013-12-1 19:35

http://www.gramene.org/tools.html

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用cut命令从n多列中提取特定的几列

热度 1 闫双勇 2013-11-30 15:50

例如：cut -f 1,2,3,4,5,6,7,8 Cul_Wild_1529lines.chr21529snp_chr2 这个文件有1529+8=1537列，前8列如下： Chromosome Position RefBase SnpBase TotalHitNum MAF RefNum SnpNum 后1529列为不同品种在相应位置的SNP。文件Cul_Wild_1529lines.chr2的大小为2.3G，后面产生的1529snp_ch ...

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blast in Linux

闫双勇 2013-11-17 12:22

以前用perl 在这个ubantu系统下进行本地blast遇到点问题，本地blast database老是建不了。现在按这里 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52640/ 的方法装了一个standalone BLAST.主要命令:如 tar zxvpf ncbi-blast-2.2.23-x64-linux.tar.gz。 建库用类似下面的命令： &n ...

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来自gramene的.mysqldump文件导入mysql数据中

闫双勇 2013-11-16 09:55

1 获得超级用户权限：sudo su 2 登陆到mysql mysql -u root -p 3 建立一个新的数据库如：oryza_sativa_variation_38_72_6 4 把导入mysql数据库的文件存到进入mysql系统时的目录中，如:/home/bioysy.这个是个关键 5 在mysql中运行命令use oryza ...

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著名期刊中的水稻序列

热度 1 闫双勇 2013-11-16 01:54

弄了个小脚本来发现著名期刊中提交了水稻序列的文章.干这件事的本意是为了了解已经克隆的水稻基因的情况.克隆基因一般会干两件事:一是发表文章,二是提交序列.但提交序列的文章不一定都是关于基因克隆的报道.例如关于进化方面的研究,或者是研究已经克隆的基因的不同等位基因等.   ...

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水稻基因组参考序列版本

热度 2 闫双勇 2013-11-16 01:37

上传一个我自己整理的不同版本的水稻基因组各染色体长度分布表.这个表可以反映出这样一个问题:不同版本的全基因组序列,染色体长度是不同的,所以获取相关信息,如果涉及到在染色体的具体位置时应当留意序列版本.我在这个博客上发布过一些InDel标记,这批标记的参考基因组序列为TIGR version 5(当然现在 ...

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CRISPR系统的缺点

闫双勇 2013-11-13 04:33

http://www.biotechniques.com/news/CRISPR-Less-Reliable-Than-Alternatives/biotechniques-344342.html?utm_source=BioTechniques+Newsletters+%26+e-Alertsutm_campaign=13fa3a5901-Genomics_05122011utm_medium=emailutm_term=0_5f518744d7-13fa3a5901-86762166#.UoKO3bIcaTU 较高频率的非靶位点变异. ...

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