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核糖体对基因表达的调控
闫双勇 2014-11-23 23:52
Xue, S. et al . RNA regulons in Hox 5′ UTRs confer ribosome specificity to gene regulation,Nature http://dx.doi.org/10.1038/nature14010 ( 2014 ). 这篇文章报道了,核糖体对基因表达调控的分子机制。其中关键是 5′ UTRs 区的类似病毒的内部核糖体进入位点( inter ...
个人分类: 基因表达|3112 次阅读|没有评论
克隆的意思
闫双勇 2014-11-23 22:13
上周听了个报告,做报道的专家讲了他们的工作,克隆了1500个转录因子,构建增强表达和降低表达的载体。下面的听众有疑惑了:这一下就克隆了这么多的基因,某某人好几年也没有克隆一个基因。这里虽然都用了“克隆”这个词,但此克隆和彼克隆并不是一回事。前面克隆1500个转录因子的克隆,只要有序列就能够克 ...
个人分类: 专业随笔|3098 次阅读|没有评论
一点感想
热度 1 闫双勇 2014-11-6 16:37
我的博客已经有半个多未登录了,前段时间飘荡到一个鸟即使拉屎也不多的地方,上网不太方便。今天登上来,一下看到7条新提醒。呵呵,还是同一个朋友的,这让人赶脚有点温暖,说明自己写的只言片语,可能还有那么一点点用。而且这位朋友回复的还是比较老一点的博文。有用的东西,未必是最新的东西。人 ...
个人分类: 专业随笔|3167 次阅读|2 个评论 热度 1
利用MySQL库分析关于水稻基因的研究(六)
闫双勇 2014-10-6 23:36
哪些期刊发表过关于水稻基因的文章,数量有多少?今天用了一个我以前没有用过的SQL查询语句来回答这个问题。 先建立一个空表,表名为: journal_refnumber_14922。 这个表有两个字段:journal_name,期刊名字;ref_numbers,期刊中报道的文献数量。journal_name的定义方式和ref ...
个人分类: linux|3293 次阅读|没有评论
利用MySQL库分析关于水稻基因的研究(五)
闫双勇 2014-10-5 23:19
我想让这个数据库帮我回答一个问题?到底有多少水稻基因克隆了。这里克隆的含义是:序列已知功能已知。所以我用下面的SQL语句进行搜索: SELECT Journal , Oryzabase_ref_id , Title , COUNT ( DISTINCT trait_gene_id ) &nbs ...
个人分类: linux|2449 次阅读|没有评论
利用MySQL库分析关于水稻基因的研究(四)
闫双勇 2014-10-4 20:49
一篇文献里可能报道多个基因(或者准确的说会出现多个RAP_id),利用建立好的MySQL数据库可以产生一张新表,这张表可以给出每篇文章包含多少个RAP_id.这个表像下面这个样子: journal_name Oryzaref_id year title_name rap_id_number Plant Physiol. 31151 ...
个人分类: linux|3363 次阅读|没有评论
利用MySQL库分析关于水稻基因的研究(三)
闫双勇 2014-10-4 00:01
前面两篇博文,介绍了数据的来源及把数据导入MySQL数据库的方法,对并涉及的基因表和文献表进行了简单的介绍。当然,如果只想简单的查下数据库里的基因或者文献。这两个表也可以用EXCEL打开,只是查询和分析没那么方便罢了。用MySQL不是那么容易入手,但入门了以后,会发现这个会比EXCEL方便得多。 ...
个人分类: linux|2963 次阅读|没有评论
利用MySQL库分析关于水稻基因的研究(二)
闫双勇 2014-10-1 17:10
本来是想写在一篇博文里,但是好像内容多了点,所以得分成几篇来写。上篇写基因数据库(表genelist_14922)的一点概况,以及与此相关的一些东西。后面还会对这个数据库进行些分析,所以这里先按下不表。先来看看和基因数据库关联的文献数据库(reflist_14922)。这个表共有29173行。是不是有29173篇文章呢? ...
个人分类: linux|2451 次阅读|没有评论

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