上传一个我自己整理的不同版本的水稻基因组各染色体长度分布表.这个表可以反映出这样一个问题:不同版本的全基因组序列,染色体长度是不同的,所以获取相关信息,如果涉及到在染色体的具体位置时应当留意序列版本.我在这个博客上发布过一些InDel标记,这批标记的参考基因组序列为TIGR version 5(当然现在 ...
查询语句:select Chr,polystar,polyend,polylength,lprimer,rprimer,pcrlenth,cM,bac_id,chr_start,chr_end from tigrv5_indel_cM 参考序列序列还是tigr version 5.polystar:多态序列在序列中的起始位置,polyend,终止位置.polylength:多态片段长度.这里的cM和bac_id都是有来头的 ...
今晚偶然看到了这个标题Indel-Associated Mutation Rate Varies with Mating System in Flowering Plants，感觉需要加深印象。 Mol Biol Evol-2010-Hollister-409-16.pdf 这个标题让我想起曾关注过的一篇文章：Tian D, Wang Q, Zhang P, Araki H, Yang S, Kreitman M, Nagylaki T,Hudson ...
Maize HapMap2 identifies extant variation from a genome in flux.这是徐老师最近在NG上新发表的文章.上篇博文有过介绍.当然那个介绍是面向大众的.专业人员,得读全文.全文里才有真正值得自己学习的东西.比如这个东西:read-depth variants (RDVs),老实说,我是第一次注意到这个东西.不明白当然的 ...
和植物CNV相关研究: http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=479743do=blogid=394965 这是我一直比较困惑的领域:人类遗传学对这东西比较关注,而植物学里研究很少,所以当看到这类文章会比较留意.今天又增加了一个例子:Copy Number Variation Affecting the ...
这是一位朋友向我索要的数据,当我已经有一个所有籼(9311)/粳(日本晴)间多态性SQL数据库时,像诸如此类的问题就变得简单了.我只需要用如此简单的一条SQL查询语句select * from tigrv5_poly where polyend-polystar40 or end9311-star931140和拷贝粘贴,加简单的编辑就会得到一个表. yan_40bp_InDel ...
Epialleles via DNA methylation: consequences for plant evolution DNA methylation.pdf 相关概念:In plants, naturally occurring methylation of genes can affect the level of gene expression. Variation among individuals in the degree of methylation of a gene, termed epialleles , produces nov ...
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