快乐科研,快乐生活分享 http://blog.sciencenet.cn/u/guolingju 夫未战而庙算胜者,得算多也;未战而庙算不胜者,得算少也.多算胜少算,而况于无算乎?

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IP: 219.221.107.*   [24]包河彬   2019-8-26 19:41
请问下郭老师 现在化学专业博士 推荐下买什么笔记本合适。
我的回复(2019-9-16 09:44):i7,16G内存,固态加1T普通硬盘,一线品牌,随便选一个你觉得好看的,就行。
IP: 101.231.215.*   [23]damupen   2014-8-7 10:57
前辈你好,我在用cI-NEB寻找过渡态的时候,发现过渡态结构在优化的过程中通常会出现往初态或者末态结构跑的现象,请问是什么原因导致的,即使过渡态离初态或者末态很近的话,那也应该往一个方向跑吧,这个是我INCAR关于NEB的参数设置,
ICHAIN=0
SPRING=-5.0
IBRION=3
IMAGES=1
LCLIMB=.TRUE.
#LTANGENTOLD=.FALSE.
LDNEB=.FALSE.
POTIM=0
IOPT=1
MAXMOVE=0.2
#TIMESTEP=0.2
望指点,谢谢!
我的回复(2014-8-12 09:57):有可能是插值和image的问题,你再研究研究。
IP: 211.142.247.*   [21]何俊杰   2012-6-15 21:48
我是第一次想尝试加电场,小木虫上是别人提的问,不过仍然感谢学长的解答
IP: 211.142.247.*   [20]何俊杰   2012-6-15 14:01
学长,有一些问题向你请教,最近在做一些加电场计算的体系,通过设置LDIPOL=.T. , IDIPOL=3 , EFIELD=0.2,但是弛豫后体系,跟没加电场计算的能量其他的一些东西全部是一摸一样,弛豫离子步一步就完了。我认为是电场的参数哪里设置错了?想问问学长是怎么回事?还有电场的单位是不是V/A或者是eV/A ?
IP: 123.150.4.*   [19]李扬   2012-2-24 10:34
您对高性能计算也有研究吗?
我的回复(2012-2-26 15:45):浪潮的工作人员经常来培训和回访,我只是通过听报告,对高性能计算有肤浅的了解,主要还是关注物理,研究室有专职人员和同学搞这个,我的方向不是这个。
IP: 61.190.88.*   [18]郭令举   2012-2-19 20:59
你好,超算进行计算,数据分析主要还是用我们自己的cluster来处理一些,数据量不大。
IP: 123.150.4.*   [17]李扬   2012-2-10 10:30
您好,我是国家超算中心的,请问您研究的凝聚态物理,是否需要超级计算机对数据进行分析和处理了?
IP: 155.69.2.*   [16]段天利   2011-6-29 14:38
你好,请问你知道怎么安装P4VASP吗? 谢谢了。
我的回复(2011-6-29 19:47):没有用过,有其他的替代的,和自己编写一些处理数据的,够用了,没再搞他
IP: 155.69.2.*   [15]段天利   2011-5-5 09:51
令举,关于为什么分波态不等于总波态,我写邮件问了问VASP,他们给出了解释。下面是他们的回信:
Dear Colleague
vasp is NOT based on local orbitals basis sets, but on (augmented) plane waves.
all projected quatities are calculated by integrating the related quatnities (here: charge density) over spheres with r=RWIGS, centered at the atoms' positions. if the spheres overlap, part of the cell's volume is integrated twice, the contributions to the volume which are not covered by these spheres are not accounted for at all. Therefore, it is very unlikely that the local DOS sum up to the total DOS exactly.
This behaviour is common to all PW or mixed basis set methods.
yours sincerely
vasp-support
IP: 155.69.2.*   [14]段天利   2011-5-2 11:41
令举,能不能说的再详细点,关于你说设置错误参数,为什么错呢?
IP: 155.69.2.*   [13]段天利   2011-5-1 11:53
下面是我的non self-consistent 的INCAR: 请帮我看一下,谢谢。顺便拉个关系:)我是河北人呀!呵呵
General;
SYSTEM=fcc Ge            
ISTART=1               
ICHARGE=11                 
ENCUT=240
NELM=200
NELMDL=10
EDIFF=1E-04
EDIFFG=-0.02
IBRION=2
NSW=50
LORBIT=10               
ISMEAR=-5;   SIGMA=0.1

PREC=Accurate

下面是split_dos的文件:
#!/bin/ksh


# Script to break the VASP DOSCAR file into segments for
# each atomic site.
# JMS NRL 5/0/02

# Modified to also align the Fermi level from the ground state
# to E=0.0
# JMS NRL 6/19/02


# Executables reside here
BIN=~/bin


if [ $# -ne 0 ]; then
        echo "Usage: split_dos"
        exit 2
fi

# Script to split the DOSCAR file into the atomic
# projections labeled by atom number
dosfile=DOSCAR
outfile=OUTCAR
infile=INCAR


# Token for splitting the files
token=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $1}')

# Number of points
nl=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $3}')

# Number of atoms
natom=$(sed -n '1 p' $dosfile | awk '{print $1}')


# Get the Fermi level if the OUTCAR file is present,
# else we set it to zero.
if [ -a $outfile ]; then
    echo "The" $outfile "exists, we use it to get the Fermi level,"
    echo "the RWIGS tag and the number of spins."
    efermi=$(grep "E-fermi" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
    echo "Fermi level:" $efermi
    nspin=$(grep "ISPIN" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
    if [ $nspin -eq 2 ]; then
        echo "Spin polarized calculation"
    else
        echo "Unpolarized calculation"
    fi

# 2.a
# JMS 2/3/03 Modified to accept specification by LORBIT token.
#
    lorbit=$(grep "LORBIT" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
    if [ $lorbit -ge 10 ]; then
        echo "LORBIT > 10"
        echo "WARNING: not completely test for vasp.4.*"
        echo "Use at your own risk. Please check results for consistency."
        form=1
    else
# 2.a
        rwigs=$(grep "RWIGS" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}' | sed 's/\.//g')
        if [ $rwigs -eq -100 ]; then
            echo "RWIGS token not set"
            form=0
        else
            echo "RWIGS token set"
            form=1
        fi
# 2.a
    fi
# 2.a

else
    echo "The" $outfile "does not exist, we set the Fermi level to 0"
    echo "assume an unpolarized calculation, and RWIGS not set"
    form=0
    nspin=1
    efermi=0.0
fi

# If the outcar file is not present and you wish to set something by hand
# you should do it here. Uncomment the tokens below and set them by hand.

#efermi=2.255
#form=
#nspin=



# Get the atomic coordinates
$BIN/vp >| tmp.dat
tail -$natom tmp.dat | awk '{printf "%s %12.8f %12.8f %12.8f \n", "#", $2, $3, $4}' >| tmp.dat2


# Total is first DOS
if [ $form -eq 0 ]; then
i=0
else
i=0
fi


start=7
end=$((start+nl-1))
#echo $start $end
#exit 0
rm -f DOS0
if [ $form -eq 1 ]; then

    while [ $i -le $natom ]; do

            #echo $i $start $end

        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
        fi

        if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4 }' >> DOS$i
            fi               

        else

# Total DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi

        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done

else

    while [ $i -le 0 ]; do

            #echo $i $start $end

        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
        fi

        if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4 }' >> DOS$i
            fi               

        else

# Total DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi

        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done

fi

exit 0
我的回复(2011-5-1 21:27):IBRION=2
NSW=50
LORBIT=10   
这几个参量好像不太对吧,nsw应该等于0吧
IP: 155.69.2.*   [12]段天利   2011-4-30 15:50
谢谢你的回复。你在2011-02-28发了一个博文,就是split_dos 在这个博文的最后一段,就是我的第一个问题,你可以看一下,单位就是不一样。导致我把总波态和分波态画在一起的时候,总波态非常小!按理说,所有分波态都加起来就是总波态,但是分波态比总波态大。 2.我没有开自旋(ispin)。
我的回复(2011-4-30 19:23):总态密度是整个cell的,DOS1,2等里是原子的,要把它们加起来吧。具体问题我也不清楚。
IP: 155.69.2.*   [11]段天利   2011-4-29 19:31
令举,
你好,我是最近才开始学VASP的。有个关于计算态密度的问题请教你。
候柱锋编的《VASP 软件包的使用入门指南》,第30页第三段:“分割后的DOS0….”
我的问题:1.总波态的密度和分波态的密度单位不一样,怎么才能转化成一样的?
                 2. Ge的时候,分DOS后为什么出现了 四列数据?按照候柱锋的书,第四列是d 态电子,但是赝势没有包含d 电子呀?

谢谢了。 可以和我用邮箱联系29486225@qq.com 或者QQ:29486225.
我的回复(2011-4-30 15:34):你把一个cell里面的一类原子的分波的都加起来,不就是整个cell里面的,就统一了啊
我的回复(2011-4-30 15:27):1、不太明白,总态密度和分波态密度的单位都是state/ev啊,怎么会不一样呢?
2、你的自旋开关打开了吗,spin up dos 和spin down dos各占一列。
IP: 222.66.175.*   [10]黄月   2011-4-29 12:36
你好,请问你是河大毕业的吗?
我的回复(2011-4-30 15:16):你好,是的。
IP: 216.96.245.*   [9]sfli   2011-3-29 04:12
令举:你好,
           在做声子谱时,你知道如何把特定的声子模给挑选出来吗?就像做电子能带结构时,投影到某些原子上;
           比如,我在做一个表面的声子谱,如何比较方便的把表面的一些特定原子(比如最上面两层原子)的振动模给挑选出来? 有什么好的方法?

           谢谢。

          S.F.LI
我的回复(2011-3-29 09:42):你问的这个问题,我们室黄良锋同学有很多这方面的研究,我只是听报告的时候听听,声子谱这块儿我没有具体做,你可以跟他讨论讨论,http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=345795
IP: 61.190.88.*   [8]郭令举   2011-3-12 10:11
表面能的讨论小木虫也很多的讨论吧,我对这方面不太了解。
IP: 123.163.156.*   [7]kaixinbaby   2011-3-11 21:42
请问化合物的表面能应该怎样计算啊,我看了好多文献,可是说法不一,而且好多都是关于只含有一种元素的物质,很困惑,还望帮帮忙。。。。。
IP: 216.96.244.*   [6]sfli   2011-2-19 07:23
令举:你好!
           我是Li Shunfang。

           这些天,我在用Phonopy结合VASP计算一个CNT的声子谱,基本过程和你们所讲的都一样。前面几步都很顺利,比如已经顺利算出来了,disp.yaml, FORCE_SETS,但是在计算声子谱的时候,遇到了麻烦:
          我的band.conf文件是这样的:
*************************************
ATOM_NAME = C
DIM =1 1 2
BAND=0.0 0.0 0.0  0.0 0.0 1.0
BAND_POINTS=101
***************************************

然后我用phononpy -p band.conf 命令开始计算声子谱,输出结果如下:
*********************************
Band structure mode
Settings:
  Supercell:  [1 1 2]
Spacegroup:  P4_2/mcm   (132)
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/phonopy", line 478, in <module>
    forces = file_IO.parse_FORCE_SETS( supercell.get_number_of_atoms() )
  File "/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/phonopy/hphonopy/file_IO.py", line 58, in parse_FORCE_SETS
    forces = Forces( atom_number-1, displacement, forces_tmp )
  File "/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/phonopy/harmonic/forces.py", line 34, in __init__
    self.forces = np.array(forces)
ValueError: setting an array element with a sequence.
*************************************************
出错后没有给出band.yaml 文件。

能否给些建议?谢谢!

祝好!
我的回复(2011-2-22 10:30):李老师:
好!
这个现在组里已经没人用了,太麻烦了,都是用pwscf或者phonon来做声子谱。
我感觉setting an array element with a sequence这个错误,可能是ND和Q点顺序设置的问题。

小郭
IP: 123.163.156.*   [5]kaixinbaby   2010-12-15 13:00
请教电子局域函数的物理意义是什麽啊?
博主回复:the electron localization function (ELF) is a measure of the likelihood of finding an electron in the neighborhood space of a reference electron located at a given point and with the same spin. Physically, this measures the extent of spatial localization of the reference electron and provides a method for the mapping of electron pair probability in multielectronic systems.

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