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国际知名学术打假专家Elisabeth Bik的文章被质疑!已发表声明

已有 1290 次阅读 2022-11-15 09:16 |系统分类:论文交流

近日,致力于学术打假的“科学侦探”——Elisabeth Bik作为共同作者的一篇论文被提出质疑。这篇文章于2017年发表在PLOS ONE上,题为 “16S rRNA gene sequencing and healthy reference ranges for 28 clinically relevant microbial taxa from the human gut microbiome”,目前Web of Science上数据显示被引39次。 

作为一名多产的学术打假专家,Bik曾在PLOS ONE上发现数百篇论文中存在图片重复使用问题,她联系杂志揭发这一情况,促使产生了大量的撤稿。而出人意料的是,此次可能涉及学术不端的案例居然发生在了Bik身上。 

该论文可以追溯到Bik在初创公司uBiome(现已倒闭)工作的时候,文中报道了当年uBiome公司用于开发人体肠道细菌临床试验的研究。在该研究中,使用uBiome Explorer工具包采集受试者的粪便样本,并采用问卷调查有关受试者健康的问题。他们从健康受试者中选取897份粪便样本,通过16S rRNA测序确定不同的、临床相关的微生物组的相对丰度,目的是确定这些微生物在健康人体内的丰度范围。 

据Business Insider网站2019年的一篇报道,Bik是最早对论文报道的研究提出疑问的科学家之一。她和其他人告诉Business Insider,论文中的样本集可能包含婴儿和宠物的样本,这可能会对uBiome公司正在进行的临床试验(该试验后来以SmartGut的名称出售)结果造成影响。Bik还告诉Business Insider,当她将自己的顾虑告诉uBiome高管时,他们不以为意,而当时这篇她合著的论文也已经投稿PLOS ONE了。 

关于这篇文章的可疑性,PLOS ONE目前已发表了官方声明并展开了相应调查(图 1)。论文中的一些样本(来自婴儿、最近可能服用过抗生素的人和宠物)不适合作为确定人类肠道微生物组的健康基线。

图1 PLOS ONE关于这篇可疑性文章发表的官方声明

(图片来源:https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0276752) 

该论文的作者对相关质疑和调查进行了回应,他们提供了更多关于研究方法的信息,通讯作者的最新电子邮箱地址,以及负责保留研究数据的公司遗产受托人的联系信息。 

该论文的第一作者表示,2019年8月对uBiome进行的客户服务数据的审计发现,uBiome用户提交的其中一个被标记为人类肠道样本的样本可能来自非人类。这些信息存储在客户支持系统中,与研究中使用的匿名数据库不同,在研究期间作者并不知道这些信息。 

第一作者还补充道:对来自疑似非人类样本757(编号)的数据评估表明,该样本所有的微生物丰度都在正常值范围内。由于本研究样本量大,且样本757中微生物丰度呈正态分布,在计算健康范围时纳入或排除样本757并不会改变已发表文章中给出的结果和结论。 

该论文的通讯作者表示,提交样本757的uBiome用户在他们的账户中有不止一个样本,这就引入了非人类样本不包含在研究中的可能性。他们注意到样本757与研究中的其他人类样本聚集在一起,这表明该样本可能是来自人类。这也进一步质疑了,来自自愿参加研究的受试者(自愿提供粪便样本的人)的数据是否真的可以成为临床试验的可靠标准。 

共同作者Bik也表达了自己的观点,这篇论文存在两个方面的潜在问题:

1. uBiome用户提交的一份被标记为人类肠道样本的样本可能来自非人类。 

根据PLOS ONE的调查评估,尚不能完全确定这是一个非人类样本。这个特殊的样本的数据和其他896个人类粪便样本的数据并没有什么不同,它实际上可能是一个人类粪便样本——宠物或厨房地板的微生物群通常与人类粪便样本不同。如果其中一名受试者没有提供所需的人类粪便样本,而是他们的猫或地板样本,那么这样的样本很有可能因为具有与人类样本不同的成分而显示为异常值,但实际并没有。此外,作为897个样本中的一个,占比仅0.1%,删除这个特定的样本对论文中确定的健康范围没有影响。 

Bik认为期刊发布质疑声明通常适用于大部分数据严重存疑的论文,而不是对近900个样本中一个样本存在怀疑的论文,况且这个样本可能有误,也可能无误,对此发表质疑声明似乎有点苛刻。 

2. 对获取肠道微生物组数据感兴趣的自选个体及样本报告的结果可能无法推广到其他人群。 

这篇论文的结果不能推广到其他人群。任何针对特定人群的研究可能并不适用于其他人群,但这并不一定意味着针对某一特定群体的研究没有价值。虽然Bik也认为这项研究可能并不适用于其他人群,但因此被质疑似乎也是不够充分的。

本文作者:Crystal,转载请注明来源美捷登,商用请联系美捷登授权。 

参考资料:

https://retractionwatch.com/2022/10/20/paper-co-authored-by-sleuth-elisabeth-bik-marked-with-expression-of-concern/

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0276752




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