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平地惊雷：AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题？

热度 3 2020-12-2 21:44

平地一声惊雷，Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛（CASP14）中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测，把学术界的预测远远甩在后面，不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构 甚至帮助 结构生物学家发现他们的错误，而另外一些结构，预测 ...

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从美国总统选举的大数据预测说起

热度 2 2020-11-7 13:20

2016年美国总统选举的时候，多数传统民意测验预测希拉里·克林顿将获胜，但我们澳洲格里菲斯大学的同事根据推特情绪大数据的分析结果却认为特朗普会赢。事实证明他是对的，而且50个州，他预测对了49个，这远远高于随机碰上的可能性。除此之外，他还成功地预测了2016年英国的脱欧公投及2019年澳大利亚联邦选举的结果。今年 ...

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走向肤浅的人与步入深度的机器

热度 4 2020-11-5 11:21

长期以来人工智能只能透过两层人工神经元来感知外界。最近几年，计算方法和计算能力的突破使得人工智 能可以 进行几十、几百层的深度学习。自此之后，阿尔法狗打遍围棋天下无敌手（2016）， 阿尔法-折叠勇获蛋白质结构比赛第一名 （2018），同时机器翻译不断改进，自动驾驶也愈加成熟，很明显机器替代人来做一些从简 ...

个人分类: 政策评论|8628 次阅读|4 个评论 热度 4

新冠病毒的诊疗呼吁一个全国统一的电子病历大数据

热度 8 2020-10-30 14:12

新冠病毒的诊疗，假如我们有一个全国统一的电子病历大数据，也就是说所有病人的治疗过程即时登记在全国计算云里，那么一个跟踪各个地区各种疾病即时发生率的计算软件就能够自动发现不同寻常的高峰，发出流行预警，从而避免地方可能的拖延、为全国的决策争取到最多的时间，把危害降到最小。 一个全国统一 ...

个人分类: 政策评论|7960 次阅读|8 个评论 热度 8

产业是怎么颠覆的？读埃隆·马斯克传有感

热度 2 2020-10-15 10:19

2011年10月苹果公司的乔布斯英年早逝，我专门写了一个博文 《一代天骄，乔布斯汗》 ，感叹他会不会成为千代绝响。没想到那时候就已经有了一个身兼三职（SPACE-X, Tesla,和SolarCity）、毁誉参半、饱受争议的人叫埃隆·马斯克。在最近几年，他领导下的SPACE-X和Tesla克服了重重困难而凤凰涅槃，可以说至少颠 ...

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女儿高中的写作课

热度 3 2020-8-30 10:58

我小时候的中小学比较简单，不分文理科，除了语文课需要写大约几百字的作文之外，其它课从来不需要写作。今年是我小女儿上高中的最后一年，对她的课程有更多的关注，才知道除了外语课，她今年其它主课都需要写一篇“大作”，所以几乎每门课都可以说是写作课。 她的学校是国际文凭（IB）学校，这个文凭是一家 ...

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新冠病毒时代的双州记 -- 同样方针，不一样的效果

热度 3 2020-4-6 17:29

虽然科学家们早就警告过大规模流行性疾病迟早会发生，但没想到在 2019年底真的就来了！当武汉的惨烈使世界各国先后对中国关门之际，病毒就已经不动声色地潜入了全球，然后不同的时间段先后在各地爆发出来，简直像是在看恐怖片的一次次重播。虽然澳大利亚躲在地球的底下（down under），而且反应可 不 谓不快：美国1月31 ...

个人分类: 家庭教育|5870 次阅读|4 个评论 热度 3

从深度诱变的测序来推测RNA/蛋白质的三维结构

热度 2 2019-12-25 08:57

序列决定结构，结构决定功能，这是 RNA 和蛋白质这样的生物大分子的基本法则。这也是为什么 Nature / Science 杂志热衷于发表这些生物分子机器的精细结构的原因，因为只有知道了结构才能知道功能背后的原理。如果这些机器坏了，有了结构才能想方设法去修理，去改变。目前原子水平的高精度结构的解析主要靠 X ...

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打破RNA二级结构预测精度的天花板

2019-11-28 13:37

在生命体系里，RNA长期以来被认为是蛋白质的小弟，因为除了转运RNA（tRNA），核糖体RNA（rRNA），把信使RNA(mRNA)按照DNA指定合成特定的蛋白质之外，以后就没有RNA的什么事了。只有各种蛋白质，才是忙上忙下，包揽一切的万能手。但是，近年来越来越多的实验表明RNA似乎无处不在、无所不能，有用于RNA修饰的（例如snRNA， ...

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