科学网—raindyok的留言板

IP: 220.249.99.* [28]涂振 2021-3-23 15:08

高老师，您好！读了你的博文，有个小问题困扰了我很久。Mhet是应用实际采样时间校准分子钟（Tip date）计算替换速率，可是在Genbank数据库下载的序列只有它们期刊的发表时间，没有找到它们的采样时间，所以想请教下您该如何解决，希望您能帮忙解惑，万分感激！

我的回复(2022-9-20 16:37)：一般只能通过查阅文献中的材料与方法或或者联系作者咨询样本信息

我的回复(2021-10-8 18:57)：不好意思，大半年没上科学网了，才看到信息。这个问题也是我困扰很久的一个常见问题，我们一般是通过检索相关文献来找出采样信息，同时还发邮件给作者求助，一些实在找不到的只能在Dating分析时弃用。

IP: 219.236.34.* [27]虞结梅 2020-8-8 21:24

高老师您好！读了您多篇博文，收获很大，谢谢您的分享。有个小问题还需要向您请教：我在运行beast的时候，出现了您提到的报错信息：java.lang.Runtime Exception: Terminate. 按您建议的用文本编辑器搜到了字符串<!-- write tree log to file。我不太明白的是，需要将哪一串字符串删掉呢？您文中提到的是将它后一行的<！--的字符串删除，但我只找到一处有<!，再它后面没找到。请您帮忙指点！不甚感激！

我的回复(2020-8-17 18:21)：如果方便可否将文件发我看看，raindyok@qq.com

IP: 111.192.247.* [26]杨婵 2020-4-22 14:48

高老师，您好。想跟您请教一些popart使用方面的问题，不知通过何种方式联系您比较方便。谢谢

杨婵

我的回复(2020-4-29 13:06)：可以加入生物软件交流群交流

IP: 60.191.1.* [25]李晓维 2019-10-28 16:54

高老师您好，想请教您一个问题，我看看您“PopART 绘制 Haplotype Network 图解”用PopArt回执Haplotype Network图，但是当我把nex文件准备好后，用PopArt软件打开时没有任何反应，在data viewer里没有显示，想请一下您这种情况是什么原因呢？
非常希望您您帮我解答，谢谢您！

IP: 112.193.11.* [24]但佳明 2019-10-2 11:01

高老师，您好！想向您请教一个问题，我在参考您“PopART 绘制 Haplotype Network 图解(By Raindy)”这篇博文，用PopART 绘制 Haplotype Network 图时，在生成结果文件（Test_main.html）中找不到“Haplotype frequencies in populations”相关内容，请问是少了一些步骤吗？
期待您的回答，十分感谢！

IP: 218.6.135.* [23]邓磊 2019-3-18 17:27

高老师，您好！我用modlefinder计算了核苷酸替换率，还有AIC的一些值；现在准备根据得到的结果用MrBayes构建系统进化树，请问怎么把modlefinder得到的那些值运用到建树过程中呢？根据网上的操作好像基本上都没有用modlefinder计算出来的值。我也在网上搜了一些方法，还是不太明白，十分希望您能帮我解答！谢谢！

我的回复(2019-4-2 13:57)：请参考《2018北京系统发育分析课件》完整版，里面有详细的说明，或加入生物软件交流群交流，群号:323809849（入群格式：实名-单位-专业）

IP: 121.195.114.* [22]朱佳成 2018-11-13 20:59

高老师您好！想向您咨询下DanSP软件是怎么才能进行Ks、Kst、Z、Snn检验分析的呢？我拜读了您的 Genetic diversity and molecular evolution of arabis mosaic virus based on the CP gene sequence 这篇文章，对这里这几个数据很感兴趣，想知道是怎么来的，但是自己用DnaSP做了很久都没搞出来是怎么做的。
十分希望您能帮我解答！谢谢！

我的回复(2018-11-18 08:17)：

QQ联系过，问题已经解决就不细复了

IP: 210.72.157.* [21]blusmot 2016-9-22 10:30

高老师，您好，想请教您两个问题：
1. Structure 软件做遗传结构分析时，如果群体不满足（the loci are at Hardy-Weinberg equilibrium, and linkage equilibrium），那么是不是无法用该软件做分析？？或者是对数据进行矫正后可以进行分析？
2. Fst values 的分析（比如不同品系间的Fst 两两比较），是不是需要首先满足数据的Hardy-Weinberg equilibrium, and linkage equilibrium，否则无法进行分析？
期待您的回答，十分感谢！

我的回复(2018-11-18 08:18)：2016的问题，今天才看到，Sorry

IP: 114.251.216.* [20]李珂 2016-3-18 17:10

高老师，您好，麻烦问下您用Bayesian skyline plot对种群进行分析时的导入文件是所有种群的序列文件还是要一个个单独分析？我之前只是用BEAST对单倍型进行分析，对种群分析不太清楚，谢谢您！

我的回复(2016-3-21 13:54)：群体是自已定义的，可以根据需要定义不同的群体。

IP: 222.80.175.* [19]陈小飞 2016-2-23 08:23

高老师，您好，请问运用MEGA软件进行多基因联合建树，如何操作的啊？我是新疆塔里木大学植物科学学院一名教师，一直被这事情困扰，希望能得到您的指教，浪费您宝贵时间，谢谢您！我的邮箱cxfzky@163.com.

我的回复(2016-2-27 12:56)：陈老师：您好！MEGA不能进行多基因联合建树，除非联合的数据不分区（相当于单建基因建树）。目前支持多基因的软件主要有RaxML、Mrbayes、BEAST等软件，联合多基因建树，可以参考我的QQ空间日志，http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1396317591。