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ADMIXTURE

热度 1 2015-1-24 05:05

对于大数据，用structure软件进行population structure分析费时较长。admixture则是一个不错的选择 例如计算K从1-10的命令 for((K =1; K =10; K++)); do ~/admixture_linux-1.23/admixture --cv=10 ~/inputfile $K;done cv default setting is 5

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Insect resistance in rice

2014-12-11 05:19

A gene cluster encoding lectin receptor kinases confers.pdf 水稻抗褐飞虱

个人分类: 论文分享|2195 次阅读|没有评论

大豆pan-genome

2014-9-18 07:59

De novo assembly of soybean wild relatives for pan-genome analysis of diversity .pdf

个人分类: 论文分享|3699 次阅读|没有评论

使用sra toolkit 转换sra数据为fastq

2014-8-16 03:17

download and install sra toolkit wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz convert .sra file to .fastq file .../fastq-dump .../SRRXXXXXX.sra or to fasta .../fastq-dump --fasta ...

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作物落粒性状

2014-5-20 13:46

引用一句话说明落粒性状重要性：Loss of seed dispersal is a key agronomical trait targeted by ancient human selection and has been regarded as a milestone of crop domestication. 目前水稻、高粱，大豆的落粒性状额分子基础均有重要研究进展 an SNP caused loss of seed shattering during rice domesticatio ...

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大豆：中国的骄傲，中国的痛

2014-5-20 11:14

中国是大豆的发源地，有着悠久的栽培历史。但是随着国外的大豆种植业的兴起和技术的利用，以及国内以粮食作物为主的政策导向，是我过的大豆生产总体水平远远落后，生产远远无法满足自给。 看到严建斌老师博客中的推荐，感觉很不错的一篇文章。 中国大豆的曾经与现实：非转基因成保护伞.pdf

个人分类: 种子产业|2601 次阅读|没有评论

R：Q-VALUE

热度 1 2014-4-19 11:01

source(a href=http://bioconductor.org/biocLite.R) target=_blankhttp://bioconductor.org/biocLite.R) biocLite(qvalue) library(qvalue) data(hedenfalk) qobj - qvalue(hedenfalk) summary(qobj,cut=c(0.01,0.05)) qplot(qobj) qwrite(qobj, filename=myresult ...

个人分类: R language|8666 次阅读|1 个评论 热度 1

血吸虫病抗药性的分子基础

2014-3-19 13:18

血吸虫病抗药性的分子基础，发现医学和植物分子遗传的相似之处。是不是搞植物的也可以换行搞搞医学哈哈。。。 Genetic and Molecular Basis of Drug Resistance and Species-Specific Drug Action .pdf

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未成熟番茄的颜色

2014-3-16 12:36

这篇研究很有意思，番茄为什么有的是青绿色有的是墨绿色？原来是SLGLK2在作怪。 Uniform ripening Encodes a Golden 2-like Transcription Factor Regulating Tomato .pdf

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