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Linux下Gromacs的安装

已有 14234 次阅读 2011-11-16 22:59 |系统分类:科研笔记| Linux

该博文是为了那些需要学习Linux下的gromacs但习惯用Windows的用户(Linux初学者)。

1)在windows系统下安装虚拟机(如VMwareWorkstation-v6.0.0.45731,步骤略)

2)在虚拟机上安装Linux系统,方法步骤见视频(这里以Redhat Linux 4为例,安装需勾选包括gcc等软件的develop tools选项)
   视频下载地址:http://linxubo.qupan.cc/7060124.html

3)安装Wmware-Tools

   点击虚拟机工具栏中的“VM”中的“Install VMware Tools”,在虚拟机中会出现一个名称为VMware Tools的虚拟光驱。    右键打开终端,将文件夹/media/cdrom/下的所有文件拷到/home/下,依次输入命令:

tar xvzf *.tar.gz (回车)

cd vmware-tools-distrib (回车)

./vmware-install.pl (回车)

   一路回车,至此Vmware-Tools安装成功。


4)设置共享文件夹(便于虚拟机与原windows系统进行文件互访)

   点击虚拟机工具栏中的“VM”中的“setting”,将Options中的“share folders”改为你打算共享的文件夹(比如该文件名称为“share”)。

5)将文件gromacs.tar.gz复制至share文件夹下;进入虚拟机中的Linux系统,将该文件copy至/home文件夹下。
   文件gromacs.tar.gz下载地址:http://linxubo.qupan.cc/7060127.html
   命令:cd /mnt/hgfs/share
         cp gromacs.tar.gz /home
         cd /home
         tar xvzf gromacs.tar.gz
         cd gromacs
         chmod +x md_setup.sh
         ./md_setup.sh
   然后漫长的等待。。。
   安装结束后,测试是否安装成功。
   命令:ls /opt/gromacs/bin
   如果该文件夹下有很多文件,则表明gromacs安装成功。
   添加路径,方便使用gromacs。
   命令:echo $PATH  (假设输出结果为“/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/root/bin”)
   vi编辑文件/etc/profile,添加“/opt/gromacs/bin”
   再输入命令:
         PATH="$PATH:/opt/gromacs/bin:."
         export PATH
   至此,可正常使用gromacs了。


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