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功能基因组学知识(三):比较基因组学

已有 6177 次阅读 2015-1-11 10:35 |个人分类:功能基因组|系统分类:科研笔记| 宏基因组, 比较基因组

   美国能源部一直持续大额资助绿色植物比较基因组研究(www.phytozome.net),绿色植物的太阳能储存模式是最经济的太阳能利用模式。从此可以看出,比较基因组研究的重要性。比较基因组研究主要研究基因组的序列特征,包括DNA序列,基因,基因顺序,调控序列及其他结构特征。

    比较基因组研究的目标就是找出基因组的保守特征,从而发现那些基因是保守的,那些基因是分歧快的。从而发现表型变异的基因组基础。

   目前比较基因组研究凸显了量大主题:

   1)在植物,部分基因组即使在不同属间,也呈现了高度的保守性,即使生殖隔离了数百万年,也还呈现了        大量的相似性。

   2)通过古老的全基因组复制事件(WGD)或部分基因组复制事件(SD),出现了DNA序列的移动(易位),基        因丢失,局部重排,造成了大量的共线性偏离。

  随着基因组测序技术的进步,比较基因组不再局限于种间,也拓展到种内,拟南芥和大豆都做了多个品系的全基因组测序。不同品系的基因组也存在很多差异。宏基因组(pan-genome)的研究提上日程,宏基因组研究的目标就是找到核心基因组(core genome),与之相对的是可有可无基因组(dispensable genome),还可以挖掘独特的特异基因(unique genes)。但是这些结果仅仅是在有限样本里面研究出来的,不是严格生物学意义上的。



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