alisha's space分享 http://blog.sciencenet.cn/u/alishay 纵浪大化中,不喜亦不惧,应尽便须尽,无复独多虑。-陶渊明。与君共勉 :)

留言板

每天23点到次日7点之间禁止发表留言。

[17]朱卉娟   2021-8-7 11:31
你好,我想问一个自己在阅读文献时发现的问题,文献中的结构和Pdb(code: 4iap)的结构不一样,文献中有多条β strand,但事pdb搜出来的结构中发现,这多条β strand都变成了loop,这是为什么啊
我的回复(2021-10-2 18:08):刚看到你的留言。你可以在pymol里面输入命令 dss 这样pymol就会重新assign二级结构,就可以看到二级结构了。如果看到的还是与文献不同,还有一种可能就是作者用的pymol和现在的pymol不是一个版本,所以二级结构的assignment也不一样,或者作者用其他程序自定义了二级结构。
hidden
[16]用户名   2021-5-13 19:23
评论已经被科学网删除
[15]陈观豪   2020-12-2 11:10
很感谢您分析结构解析方面的知识,结构小白留
[14]方翔   2019-11-19 16:07
师姐你好!请问你能写一下XDS处理数据的具体流程吗?我最近在学习使用XDS,但是不知道怎么调整数据应有的分辨率,应该是cut-off吧,希望你能帮我解答,谢谢!
[13]司银松   2019-6-3 21:28
  
[12]李家松   2018-7-3 05:55
你好,最近我在学习硒代解相位。有时间的话能介绍一下能否否介绍一下?
[11]马红芳   2018-5-9 17:46
您好:我是做蛋白结构不久的博士生,想问下,您那里有中文版的CCP4说明书吗,谢谢!
我的回复(2018-6-14 01:54):你好, 我没有见过ccp4 中文版的说明书。帮不到你了。
[10]pipixiu   2015-11-30 20:12
师姐有空的话,能不能不晶体结构修正的各项参数及各项参数的原理或计算公式给介绍一下啊!辛苦了,非常感谢!
[9]panxuehua   2015-5-30 22:46
你好,你写的关于分子置换的步骤非常详细,谢谢你的分享。你能不能再花点时间写一下关于别的方法求相位的流程,比如 硒代,泡重金属的。因为实在google不到比较容易理解的方法介绍,像我们刚入门的又根本看不懂太专业的说明书,(每次一搜还是搜到你这一篇),希望你有时间的话能介绍一下,万分感谢!!!
我的回复(2015-6-1 21:37):好,很开心我写的东西还对大家有用。等我周末有时间了写写硒代解相位好了。泡其他重原子我也没用过。
[8]张虹   2014-9-15 21:11
谢谢啊~
[7]张虹   2014-7-8 19:50
你好,想请教你一个问题。如果用ccp4做scala的时候,得不到scala1.mtz文件,是什么原因呢?怎样才能解决?多谢了。
我的回复(2014-7-24 02:20):Hi,我没有用过CCP4做Scala 所以不知道。 当时用hkl2000的时候是得到 file.sca,然后用data reduction 把sca 文件转化成file.mtz。你问下别人吧~
[6]崔振   2011-10-13 16:47
你好,我是研究生物信息学的,多多交流,我的QQ是95386842
[5]张贺桥   2011-8-31 13:02
你好,问一下,你是山东大学的吗?谷立川的学生吗?你是硕士毕业出国的吗?好申请吗?
[4]张贺桥   2011-3-18 23:26
请问一下:您什么时候能把分子置换法的具体步骤写一写啊!由于我们实验室不做结构,但我非常喜欢结构生物学,所以业余时间在学结构,现在已经长出了两个蛋白的晶体,它们一个与其它物种已知蛋白结构同源性为36%,另一个小于30%。现在想用分子置换法做那个同源性36%的蛋白,希望您能把步骤写的具体些!本人不胜感激!
我的回复(2011-5-30 19:28):同源结构小于30%不可以分子置换的~
[3]wangrui704   2011-3-7 15:39
陈颖你好,能请教你一个问题吗:我按照你上面“结构解析和修正流程”做到分子置换“IV.修正”时coot打不开我的mtz和pdb文件,我该怎么办?
我的回复(2011-3-11 14:00):你看你的文件路径里面有没有中文,有中文的话在windows下打不开文件~
[2]张星亮   2011-2-26 14:53
我也是做蛋白晶体结构和功能的,略懂皮毛,以后有问题还得请教你
[1]科学网编辑部   2010-1-11 13:29
欢迎您入住科学网!如果您有任何疑问,请参考博客首页上端的博客帮助,如果还不能回答您的疑问,请与博客管理员联系:blog@stimes.cn。祝您开博愉快!

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-1-26 03:21

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部