alisha's space分享 http://blog.sciencenet.cn/u/alishay 纵浪大化中,不喜亦不惧,应尽便须尽,无复独多虑。-陶渊明。与君共勉 :)

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结构解析和修正流程
热度 3 2010-6-5 11:20
以下是我总结的晶体结构解析方法: I 分子置换法 使用condition:目标蛋白A有同源蛋白结构B,同源性30%以上。 用到的软件及程序: HKL2000, CCP4, COOT, Phenix, CNS, 解析过程: 收集数据(X-RAY)-- hkl2000 处理数据-- 置换前 ...
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修结构新番总结
热度 1 2010-6-5 09:22
这几天一直做在工作站前修结构,修的眼睛累死了~ qq,校内基本没来的及上~ 看见电脑就眼睛疼工作站果然很强大,比自己的本本好多了。 额,闲话少叙,总结一下这几天的收获先~ 从拿到老师给大致搭好氨基酸残基位置的model.pdb 及相应的 .sca .mtz文件后,我修结构开始大致经过了如下几个过程: (1 ...
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修结构新得3
2010-5-30 22:40
惊人发现,啊,不,是惊我自己的发现~ 修结构重在整体形象。 刚在修一个alpha螺旋,单独看几个连续的残基,怎么都看不出来主链肽键的方向应该冲哪,因为密度比较弱,看不出来羰基氧的那个小尖尖~ 怎么整都是红点。后来我烦了,直接把图像缩小,照着标准alpha螺旋的样子,把所有的样都冲成一个方向,冲着上一圈酰胺键 ...
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修结构新得
热度 1 2010-5-30 16:25
实空间修正:根据电子密度图调整残基的位置。选择一段残基短链进行实空间修正。 如果实空间修正时 所有参数都是绿色,那么这段序列的拉氏图一般没有问题,不用再去点击edit backbone torsions逐一check up psi和phi角是否符合。 二级结构之间的转角处除外。若有黄色出现,甚至多个黄色参数,序列段中一般有红点。要逐一确 ...
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修结构新得
2010-5-30 11:33
今天还在修第一轮结构,四聚体,现在在修第四条链了。新手乍练,有些心得,share一下。也希望有各位大牛飘过,指点一二。^_^ 修结构的时候发现 侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置. 出问题最多的就是ALA GLY 和pro 密度很细 肉眼分辨不出来正确的走象。 PRO 和Gly总是出现在拐角处,而拐角处的密 ...
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coot在vista 下不稳定
2010-5-27 22:05
今天开始修结构。结果coot在Vista系统下不稳定啊。修了一晚上修了80多个残基,结果COOT突然死掉,auto保存也失效,算是白修了~ 算了,反正是第一次修,就 当练手了好了 以后要及时保存~ 其实很多其他的程序在Vista下也容易突然死掉。 修结构刚开始据说是要先修主链。修主链的意思是不是就是让酰胺平面附合要求, ...
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最近--反思
2010-5-26 22:18
最近有点犹豫,有点彷徨,有点不务正业~ 最近看了一篇叫做 吸引力定律的 视频 主讲人是心灵鸡汤的大作者。 那个视频看起来有点唯心主义,说是相信自己想要的就可以借助宇宙的力量把他们吸引过来,还有观想什么的。不知道科学是否已经证实。 可是里面那种自信,信念,相信梦想,乐观的态度倒是让我觉得真的可以借 ...
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my wish
2010-5-26 21:07
最近听到一首很好听的歌。 节奏也好听,歌词很感动~ 仔细听一下真是最美好的wish了。一听现把歌词记一下,算是对自己和所有人的美好祝福吧 ^_^ my wish i hope the dayscome easy and the moments pass slow and eachroad leads you where you wanna go if youare faced witha ...
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