Discovery Studio | ADMET结果分析

杨志强 2022-12-13 16:32

ADMET是5个首字母的缩写，分别代表了Absorption、Distribution、Metabolism、Excretion、Toxicity。Absorption代表药物从作用部位吸收进入体循环的过程；Distribution是指药物吸收后通过细胞膜屏障向各组织、器官或者体液进行转运分布的过程；Metabolism指药物在体内受酶（主要指P450）系统或者肠道菌丛的作用而发生代谢 ...

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傻瓜小白也能安装Pymol

杨志强 2022-12-13 16:15

Pymol 是伟大的三维结构显示软件，于2009年被收购并完成商业化。好在该公司遵循守则仍然提供部分代码以让广大用户使用开源版本。Pymol版本众多，包含企业版（收费），政府版（收费：$199/年/人），学术/非营利版（收费：$99/年/人），教育版（无出版权限，即不可以用来发文章，也无光线追踪渲染功能，不可以Ray来获得高 ...

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使用Discovery Studio从大量配体中生成药效团

杨志强 2022-11-22 17:21

目的 ：通过此教程了解Discovery Studio软件中使用大量配体/大数据集中生成集合药效团 所需功能模块 ：Discovery Studio Client、Ensemble Pharmacophore Generation、Find Diverse Molecules、Common Feature Pharmacophore Generation、Ligand Profiler. 所需数据文件 ：akt1_actives.sd、kt1_decoys.sd &nbs ...

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【自主研发】如何使用Discovery Studio进行反向找靶

杨志强 2022-11-10 11:43

反向找靶又被叫做靶点垂钓（Target Fishing）目前，通过计算机辅助进行反向找靶主要有三种方法：反向分子对接（Inverse Docking）、药效团模型搜索（Compound Profiling）及基于配体分子相似性分析（Lignad Similarity Search）。这三种方法可以实现反向筛选以搜索小分子药物的未知靶标、非预期靶标或二级靶点。这三种不 ...

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使用Discovery Studio进行自由能计算教程——Free Energy Perturbation

杨志强 2022-11-7 16:17

目的： 采用Discovery Studio，以一组小分子化合物为实例，示范FEP计算及结果分析操作过程。 所需功能 ：Discovery Studio client，DS Preparing analogs and ligand pairs、DS Setting up the relative FEP calculations、DS Running the FEP calculations、DS Collating and analyzing the FEP results ...

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Discovery Studio | Multi-Site Lambda Dynamics (MSLD) 进行自由能计算

杨志强 2022-11-7 15:57

目的： 通过此教程，了解Discovery Studio中使用Multi-Site Lambda Dynamics（MSLD）计算自由能的操作方法及结果分析。 所需功能和模块： Discovery Studio Client、DS Enumerate Ligands for MSLD、DS Set Up MSLD Calculations、DS CHARMm Relative FEP Calculations (GPU) 所需数据文件： 4YKR_pr ...

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