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一些豆科植物染色体的倍数及基因组信息

已有 21555 次阅读 2014-2-11 16:44 |个人分类:豆科植物基因组学|系统分类:科研笔记

关于一些豆科植物染色体的倍数及基因组的信息

摘录自:《中国主要经济植物基因组染色体图谱》的第五册,收录了作者对我国123科403属563种药用植物染色体研究的资料。包括染色体数目、倍性、核型分析的基本数据。这些染色体基础科学数据不仅对药用植物的杂交育种、细胞分类、种性鉴定、起源进化研究具有重要的理论意义和应用价值,而且也是药用植物基因组学研究的重要基础和依据。

其中收录的豆科植物染色体倍数最小的为2n=2x=12,如下:

野豌豆属Vicia L.

224-1 山野豌豆V. amoena Fisch. ex DC. , 2n=2x=  12

201-1   紫荆Cercis chinensis Bunge , 2n=2x=  14

196-3 膜荚黄芪Astragalus membranaceus (Fisch.) Bge.  , 2n=2x=  16
196-4 蒙古黄芪Astragalus membranaceus (Fisch.) Bge. var. mongholicus (Bge.) Hsiao , 2n=2x=  16

207-1   山羊豆Galega officinalis L.  , 2n=2x=  16

209-1   甘草Glycyrrhiza uralenisis Fisch , 2n=2x= 16

槐属Sophora L.
218-1 苦豆子S. alopecuroide L., 2n=36
218-2 白刺花S. davidii (Franch.) Skeels , 2n=2x=  18
218-3 
苦参S. flavescens Ait. ,2n=18

苜蓿属Medicago L.

212-1 紫花苜蓿Medicago sativa L. ,2n=32  

另外没有收录的:

参考:https://www.crops.org/publications/tpg/articles/6/3/plantgenome2013.12.0002in?show-t-f=tables&wrapper=no

日本百脉根Lotus japonicus, 2n = 2x = 12,基因组大小:470Mbp

截型苜蓿Medicago truncatula, 2n=2x=16, 基因组大小:520Mb

合萌(Aeschynomene evenia), 2n=20, 基因组大小为460Mb*

鹰嘴豆Chickpea,Cicer arietinum L.,2n = 2x = 16, 基因组大小:740Mbp

大豆Glycine max, 2n = 2x = 20,基因组大小: 1115Mbp

花生Arachis hypogaea, 2n=4x=40, 基因组大小:2890Mbp (http://www.peanutbioscience.com/)

豇豆Cowpea (Vigna unguiculata),2n = 2x = 22,基因组大小:620Mbp

兵豆Lentil (Lens culinaris), 2n=2x=14, 基因组大小:4063Mbp

木豆Pigeonpea (Cajanus cajan L.), 2n = 2x = 22,基因组大小:833Mbp


* 参考这篇论文:Arrighi, et al. Aeschynomene evenia, a Model Plant for Studying the Molecular Genetics of the Nod-Independent Rhizobium-Legume Symbiosis, 2012, MPMI. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22475377.  


另外,菜豆(Phaseolus vulgaris or common bean)的基因组大小为650Mb, 2倍体,11条染色体(为什么是11条,难道是单倍体为11,2倍体为22吗?即2n=22)。菜豆的基因组比大豆小多了。

关于菜豆的基因组研究:

http://www.phytozome.net/commonbean.php

http://www.beangenomics.ca/research/projects/view/draft-genome-sequence-for-common-bean-i-p-vulgaris-i

关于菜豆基因组研究的报道:

http://www.most.gov.cn/gnwkjdt/201203/t20120321_93264.htm  

2012年2月21日,墨西哥高等研究中心(CINVESTAV)发布消息称,墨生物多样性基因组学国家实验室的科学家们通过与国际科研团队的共同努力,已完成对菜豆的基因组测序。(菜豆有着不同的名称,四季豆,扁豆或是青豆。在墨西哥,中南美洲和非洲,是一种重要的农作物)。

   项目负责人Alredo Herrera Estrella表示,经过2年的研究,科学家确定了26500种菜豆基因,研究成果明确了哪些基因决定着菜豆的抵御病害能力,抗旱性,盐耐受度,大气中的氮沉淀,生殖细胞构成以及种子质量等问题。

   通过确定种子中各段DNA属性,可以加快种子的改良进程,创造出新的豆类品种,更好地抵御当前种植中遇到的干旱等问题。有关菜豆基因信息及更多数据可查阅http://mazorka.langebio.cinvestav.mx/phaseolus/  。

   墨高等研究中心研究人员表示,已经公布的数据有利于生产出品种更好的菜豆以及其他豆类,通过分子标注的方法可以加快选种进程。这项成果最重要的成果是将来能够找到关于豆类驯化以及在中美和安第斯地区间驯化的差异。

   菜豆基因研究是墨西哥参与的国际科研项目之一,由伊比利亚美洲科技发展委员会于2009年通过并提供资助,该委员会共有21个成员国。该项目预算为248.2万美元,阿根廷,巴西,西班牙等国科学家也参与其中。该项目第二阶段目标是至少完成实际中豆类及相关类种驯化的基因测序。



为什么百脉根适合作遗传材料,开展遗传学研究:

From: http://www.inia.org.uy/sitios/lnl/vol26/stougaard.pdf


以下内容另外转载自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_ca4f97b40101pmvo.html

截止2013年10月已发表植物基因组文章

中文名 拉丁名 发表时间 刊物 科、属 基因组大小
拟南芥 Arabidopsis thaliana 2000.12 Nature 十字花科(Brassicaceae)鼠耳芥属(Arabidopsis) 125M
水稻 Oryza sativa L. ssp.indica 2002.04 Science 禾本科Poaceae稻属Oryza 466M
水稻 Oryza sativa L. ssp.japonica 2002.04 Science 禾本科Poaceae稻属Oryza 466M
杨树 Populus trichocarpa 2006.09 Science 杨柳科、杨属 480M
葡萄 Vitis vinifera 2007.09 Nature 葡萄科、葡萄属 490M
衣藻 Chlamydomonas reinhardtii 2007.01 Science 衣藻科、衣藻属 130 M
小立碗藓 Physcomitrella pattens 2008.01 Science 葫芦藓科、小立碗藓属 480M
番木瓜 Carica papaya 2008.04 Nature 番木瓜科、番木瓜属 370M
百脉根 Lotus japonicus 2008.05 DNA Res. 豆科 472 Mb
三角褐指藻 Phaeodactylum tricornutum 2008.11 Nature 褐指藻属 27.4M
高粱 Sorghum bicolor 2009.01 Nature 禾本科、高粱属 730M
玉米 Zea mays ssp. mays L. 2009.11 Science 禾本科、玉米属 2300M
黄瓜 Cucumis sativus L. 2009.11 Nature Genetics 葫芦科、黄瓜属 350M
大豆 Glycine max 2010.01 Nature 豆科、大豆属 1100M
二穗短柄草 Brachypodium distachyon 2010.02 Nature 禾本科、短柄草属 260M
褐藻 Ectocarpus 2010.06 Nature 水云属 196M
团藻 Volvox carteri 2010.07 Science 团藻属 138M
蓖麻 Ricinus communis 2010.08 Nature Biotechnology 大戟科、蓖麻属 350M
小球藻 Chlorella variabilis NC64A 2010.09 Plant Cell 小球藻科 46M
苹果 Malus × domestica Borkh. 2010.09 Nature Genetics 蔷薇科、苹果属 742M
森林草莓 Fragaria vesca 2010.12 Nature Genetics 蔷薇科、草莓属 240M
可可树 Theobroma cacao 2010.12 Nature Genetics 梧桐科、可可属 430-Mb
野生大豆 G. soja 2010.12 PNAS 豆科、大豆属 915.4 Mb
褐潮藻类 Aureococcus anophagefferens 2011.02 PNAS 57M
麻风树 Jatropha curcas L. 2010.12 DNA Res. 大戟科、麻风树属 410M
卷柏 Selaginella moellendorffii 2011.05 Science 卷柏属 212M
枣椰树 Phoenix dactylifera 2011.05 Nature biotechnology 棕榈科 685M
琴叶拟南芥 Arabidopsis lyrata 2011.05 Nature Genetics 十字花科、鼠耳芥属 206.7 Mb
马铃薯 Solanum tuberosum 2011.07 Nature 茄目、茄科、茄属 844M
条叶蓝芥 Thellugiella parvula 2011.08 Nature Genetics 盐芥属 140M
白菜 Brassica rapa 2011.08 Nature Genetics 十字花科、芸薹属 485M
印度大麻 Cannabis sativa 2011.10 Genome biology 大麻属 534M
木豆 Cajanus cajan 2011.11 Nature biotechnology 豆科、木豆属 833M
蒺藜苜蓿 Medicago truncatula 2011.11 Nature 豆科苜蓿属 500M
蓝载藻(灰胞藻门) Cyanophora paradoxa 2012.02 Science 灰胞藻门 70M
谷子 Setaria italica 2012.05 Nature biotechnology 禾本科、狗尾草属 490M
谷子 Setaria italica 2012.05 Nature biotechnology 禾本科、狗尾草属 预估510M,组装出400M
番茄 Solanum lycopersicum 2012.05 Nature 茄科、茄属 900Mb
甜瓜 Cucumis melo L. 2012.07 PNAS 葫芦科、甜瓜属 450Mb
亚麻 Linum usitatissimum 2012.07 Plant Journal 亚麻科、亚麻属 373Mb
盐芥 Thellungiella salsuginea 2012.07 PNAS 十字花科、盐芥属 260Mb
香蕉 Musa acuminata 2012.07 Nature 芭蕉科、芭蕉属 523Mb
雷蒙德氏棉 Gossypium raimondii 2012.08 Nature Genetics 锦葵科、棉属 775.2Mb
大麦 Hordeum vulgare L. 2012.10 Nature 禾本科、大麦属 5.1Gb
Pyrus bretschneideri 2012.11 Genome Research 蔷薇科、梨属 527Mb
西瓜 Citrullus lanatus 2012.11 Nature Genetics 葫芦科、西瓜属 425 Mb
甜橙 Citrus sinensis 2012.11 Nature Genetics 芸香科、柑橘属 367 Mb
小麦 Triticum aestivum 2012.11 Nature 禾本科、小麦属 17Gb
两种小型藻 Bigelowiella natansGuillardia theta 2012.11 Nature 95Mb  87Mb
棉花 Gossypium raimondii 2012.12 Nature 锦葵科、棉属 761.4Mb
梅花 Prunus mume 2012.12 Nature Communications 蔷薇科、梨属 280M
鹰嘴豆 Cicer arietinum 2013.01 Nature biotechnology 豆科、鹰嘴豆属 738Mb
橡胶树 Hevea brasiliensis 2013.02 BMC Genomics 大戟科、橡胶树属 2.15Gb
毛竹 Phyllostachys heterocycla 2013.02 Nature Genetics 竹科、钢竹属 2.075 Gb
短花药野生稻 Oryza brachyantha 2013.03 Nature Communications 禾本科稻属 342Mb-362Mb
小麦A Triticum urartu 2013.03 Nature 禾本科、小麦属 4.94 Gb
小麦D grassAegilops tauschii 2013.03 Nature 禾本科、小麦属 4.36Gb
桃树 Prunus persica 2013.03 Nature Genetics 蔷薇科、梨属 265 Mb
丝叶狸藻 Utricularia gibba 2013.05 Nature 狸藻科、狸藻属 82Mb
中国莲 Nelumbo nuciferaGaertn 2013.05 Genome biology 睡莲科、莲属 929 Mb
挪威云杉 Picea abies 2013.05 Nature 松科、云杉属 19.6G
海洋球石藻 Emiliania huxleyi 2013.06 Nature 定鞭藻纲 141.7Mb
虫黄藻 Symbiodinium minutum 2013.07 Current Biology 甲藻门 1.5G
油棕榈 Elaeis guineensis 2013.07 Nature 棕榈科、油棕榈属 1.8G
枣椰树 Phoenix dactylifera L. 2013.08 Nature Communications 棕榈科、刺葵属 671 Mb
醉蝶花 Tarenaya hassleriana 2013.08 Plant Cell 醉蝶花科、醉蝶花属 290 Mb
Nelumbo nucifera 2013.08 Plant Journal 睡莲科、莲属 879 Mb
桑树 Morus notabilis 2013.09 Nature Communications 桑科、桑属 357 Mb


一些已测序的植物基因组(sequenced plant genome):

http://genomevolution.org/wiki/index.php/Sequenced_plant_genomes  

Totalsequencedtree.png

或参见:已完成植物基因组测序情况(更新至2016年1月)

http://blog.sciencenet.cn/blog-449698-738036.html

已基因组测序植物列表.pdf




https://blog.sciencenet.cn/blog-3533-766578.html

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