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OLEX晶体在解决无序时的基本操作

已有 3545 次阅读 2021-12-26 22:19 |系统分类:科研笔记

申明:以上非我本人所创。我是从DJ_TOKYO那总结的

同个位置被不同类型的原子占据,主要是发生在以无机晶体结构中或者是在有机晶体中由于配体的纯度不够,导致发生置换无序。不过我们今天聊的主要是位置无序。
位置无序主要是一个原子或者某个官能团占据的位置不止一个的这种现象称为位置无序。位置无序主要是有两方面因素造成的。一原子的热震动,这点往往出现在末端的基团上,单晶的衍射图会测量出原子的所在位置,如果不做无序处理,这时原子会有很大的ADPs(位移参数),在OLEX表现出来的就是某个原子异常大。另外一种就是配体本身存在不同的构象,这与温度完全无关,当晶体长大时无序程度增大,不过降低温度使得其中一个构象具有更强的能量优势,可以降低无序出现的可能性。
那么怎么知道需要做无序处理呢?参照张振义老师的讲座,可以分为以下五点。
1)存在额外的残余峰,而且距离上不会是任何未指定的原子
2)温度因子过大
3)各项异性后,原子的椭球形状异常,扁长或者是扁平,感觉是被故意拉长。
4)初始结构本身的几何结构不合理
5)存在较大的空白区域,完全混乱的Q峰。
讲完了无序的现象,下面咱们就聊聊无序的处理。
在讲无序处理前,我们需要聊的是Ins文件中各个物理量的含义,我们看一看DJ_TOKYO的讲述。


晶胞信息主要在HKL文件中。



命令区咱们单独再聊